Understanding of binding of RNA polymerace I transcription factor xUBF to DNA
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 1 (SAV0-AB2001)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Objasnění vazby transkripčního faktoru RNA polymerázy I xUBF s DNA
Annotation in Czech
Transkripční faktor RNA polymerázy I, xUBF, obsahuje 5 vzájemně propojených DNA vazebných domén (HMG box), které jsou nezbytné pro podporu transkripce ribozomálních genů. xUBF rozpoznává (a rovněž vytváří) křížové struktury DNA ("DNA crossover") a je rovněž schopen indukovat ohyb a smyčkování DNA. Biologický význam smyčkování (ohybu) DNA a tvorby křížových struktur DNA spočívá jednak v usnadnění komunikace vzdálených regulačních elementů genů (enhancerů a promotorů), jednak pro vznik stabilního preiniciačního komplexu v promotorové oblasti rDNA genů. Cílem navrhovaného projektu je objasnit mechanismus smyčkování a superspiralizace DNA a též vzniku křížových struktur DNA vlivem HMG box domén xUBF. Za účelem detailního objasnění interakce HMG boxdomény sDNA budou konstruovány technikou záměny domén ("domain swap") chimérní molekuly HMG boxů xUBF a evolučně podobného chromozomálního proteinu HMG1.
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
CE - Biochemistry
CEP - another secondary branch
EE - Microbiology, virology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Naklonovali jsme cDNA HMG-box domén transkripčního faktoru UBF. Mutační analýza umožnila objasnit význam některých konzervativních aminokyselin pro interakci s DNA a proteiny. Identifikovali jsme nový vazebný substrát pro UBF - hemikatenátové smyčky DNA.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2001
Realization period - end
Jan 1, 2003
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2004/AV0/AV04IA/U/N/3:2
Data delivery date
Oct 13, 2004
Finance
Total approved costs
4,181 thou. CZK
Public financial support
1,373 thou. CZK
Other public sources
2,808 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK