Construction of banana bacterial artificial chromosome (BAC) library for physical genome mapping
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 2 (SAV02002-AB)
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Konstrukce knihovny DNA banánovníku klonované ve vektoru BAC (Bacterial artificial chromosome) pro fyzické mapování genomu
Annotation in Czech
Bude připravena uspořádaná knihovna velkých inzertů pro B genom banánovníku. Knihovna bude klonována ve vektoru pECBACl a vznikne kombinací tří dílčích knihoven, vytvořených za použití různých restrikčních endonukleáz, což zajistí její vyšší reprezentativnost. Cílem bude získání 30 000 - 35 000 rekombinantních klonů, což by při předpokládané průměrné velikosti inzertů 100 - 130 kbp představovalo minimálně šestinásobné pokrytí genomu. Knihovna bude využita pro fyzické mapování genomu banánovníku. Cílem bude získat cytogenetické markery použitelné pro rozlišení jednotlivých chromozómů a následně zahustit cytogenetickou mapu banánovníku. Získané cytogenetické markery umožní vůbec poprvé analyzovat evoluci karyotypu v rámci rodu Musa. Významným výsledkem bude integrace genetické a fyzické mapy. Předpokládá se intenzívní využívání knihovny v dalších projektech v rámci mezinárodní spolupráce.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EF - Botany
CEP - another secondary branch
GE - Plant cultivation
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Novel resources for banana genomics, including a genomic DNA library cloned in a BAC vector were prepared. They were used to obtain new findings on the structure of nuclear genome of the important crop and its changes accompanying the evolution.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2002
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-AV0-IA-U/04:2
Data delivery date
Sep 26, 2007
Finance
Total approved costs
6,740 thou. CZK
Public financial support
2,422 thou. CZK
Other public sources
4,318 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK