Logic-based machine learning for genomic data analysis

Provider

Academy of Sciences of the Czech Republic

Programme

The research grant projects for juniors

Call for proposals

Juniorské badatelské grantové projekty 3 (SAV02005-J)

Main participants

—

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

—

Project name in Czech

Logické strojové učení pro analýzu genomických dat

Annotation in Czech

V současné vlně zájmu o objevování souvislostí z dat genové exprese prostředky strojového učení (SU) a data miningu nemají algoritmy relačního strojového učení založeného na logice (RSUZL) téměř žádnou pozornost, což kontrastuje s jejich dobrými výsledkyv jiných biologických aplikacích, jejich silným teoretickým základům, dostupností implementací jejich rozmanitých algoritmů a zejm. srozumitelností jejich výstupů a možností je přímo biologicky interpretovat. Důvodem jejich nevyužití je, že oproti statistickým přístupům v této aplikační oblasti zatím preferovaným vykazují výše zmíněné algoritmy malou robustnost vůči chybám v datech, nízkou efektivitu v mnohaatributových genetických doménách a disponují nedostatečnými prostředky pro modelování neurčitosti. Tyto algoritmické nedostatky odstraníme implementací pravděpodobnostní inference a reprezentace do algoritmů RSUZL a experimentálně předvedeme jeho sílu v oblasti objevování souvislostí mezi geny.

R&D category

ZV - Basic research

CEP classification - main branch

IN - Informatics

CEP - secondary branch

—

CEP - another secondary branch

—

OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Provider evaluation

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Project results evaluation

Existing algorithms of logic-based relational machine learning were enhanced and new algorithms were developed, both for the sake of discovering unknown biological principles, primarily from gene expression data measured by DNA chips.

Realization period - beginning

Jan 1, 2005

Realization period - end

Jan 1, 2006

Project status

U - Finished project

Latest support payment

—

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP07-AV0-KJ-U/02:2

Data delivery date

Apr 3, 2009

Total approved costs

286 thou. CZK

Public financial support

286 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK