Synthesis and evaluation of azaphthalocyanine derivatives as fluorescence quenchers
Project goals
The project is focused on the synthesis and evaluation of a new structural type of fluorescence quenchers used in non-radiative labeling of biomolecules. Fluorescence labeling is widely used method for biomolecule detection. Some methods in DNA detectionand quantitative analysis employ combination of two dyes, of which the first is a fluorescent one and the other is a "quencher" of fluorescence. This project is focused on the quenchers suitable for fluorophores emitting light at (but not only) higher wavelengths, where some challenge still remains due to insufficient stability of the quenchers. Proposed azaphthalocyanine (AzaPc) molecules possess several advantageous properties for such application and are chemically stable. Project solves not only synthesis but also biomolecular evaluation of the quenching efficiency of newly prepared compounds using hybridization assays. Both static and dynamic (FRET) quenching will be tested.
Keywords
phthalocyanineazaphthalocyaninefluorescenceoligonucleotidedark quencherhybridization assays
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 6 (SAV02008-B)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB401100801
Alternative language
Project name in Czech
Syntéza a hodnocení azaftalocyaninů jako zhášečů fluorescence
Annotation in Czech
Předkládaný projekt si klade za cíl připravit a hodnotit novou skupinu zhášečů fluorescence pro značení biomolekul, zejména oligonukleotidových sond. Fluorescenční značení biomolekul je v současnosti velice rozšíření biomolekulární metoda detekce. Jednaz metod využívá dvě barviva ? jedno fluorescenční a druhé fungující jako zhášeč fluorescence. Tento projekt je zaměřen na syntézu a hodnocení zhášečů fluorescence pro fluorofory emitující (nejen) při vyšších vlnových délkách, kde v současné době stále zůstává stále problém s dostupnými zhášeči, zejména co se týče jejich chemické stability. Navržené struktury azaftalocyaninů (AzaPc), které dosud nebyly v této aplikaci nikdy použity, mají řadu velice výhodných vlastností pro tuto aplikaci a jsou chemickystabilní. Projekt řeší syntézu vhodných AzaPc i biomolekulární testy nových zhášečů použitím hybridizací značených oligonukleotidových sond. Obě možnosti zhášení fluorescence ? statické i dynamické zhášení (FRET) - budou testovány.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
New azaphthalocyanines were synthesized, attached to solid phase and labeled oligonucleotides were prepared. The oligonucleotides were introduced into DNA hybridization assays that confirmed high quenching efficiency with a range of fluorophores.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2008
Realization period - end
Dec 31, 2010
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 9, 2010
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP11-AV0-KJ-U/02:2
Data delivery date
Jun 14, 2011
Finance
Total approved costs
2,327 thou. CZK
Public financial support
2,327 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
2 327 CZK thou.
Public support
2 327 CZK thou.
100%
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
CEP
CC - Organic chemistry
Solution period
01. 01. 2008 - 31. 12. 2010