Three-dimensional analysis of endoplasmic reticulum structure based on processing of images captured by 2-photon and confocal microscopy
Project goals
We will test the applicability and efficiency of methods for estimating the length of ER tubules, their length density in cell, proportion of lamellar sheets in ER, mean size and size distribution of meshes in the ER net, characteristics of ER organization, anisotropy and texture. The quantitative evaluation of such characteristics together with ER three-dimensional reconstruction and visualization will provide a complex and objective information about its structure and thus will help in studies of ER changes, both in normally developing cells and cells suffering from various types of stress. The methods will be tested on GFP-transformed tobacco cells (line BY-2). The ER characteristics wil estimated by contemporary unbiased stereological methods and image analysis techniques applied to three-dimensional image data acquired by 2-photon and confocal microscopy.
Keywords
endoplasmic tericulum3-D analysis2-photopn microscopyconfocal microscopyimage analysisquantiative evaluationGFP-transformed tobacco cellsstereological methods
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 1 (SAV02003-XJ)
Main participants
Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakultaContest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Trojrozměrná analýza struktury endoplazmatického retikula na základě zpracování obrazů z 2-fotonového a konfokálního mikroskopu
Annotation in Czech
Budeme testovat použitelnost a účinnost metod pro měření délky tubulů endoplazmatického retikula (ER), jejich délkové hustoty v buňce, podílu lamelárních struktur v ER, průměrné velikosti a rozdělení velikostí ok v ER síti, charakteristik organizace, anizotropie a textury ER. Kvantitativní vyhodnocení těchto charakteristik spolu s trojrozměrnými rekonstrukcemi ER poskytne komplexní a objektivní informace o struktuře ER, což přispěje k podrobnějšímu studiu jeho změn jak v normálně se vyvíjejících buňkách, tak i v buňkách vystavených různým typům stresu. Tyto metody budou testovány na tabákových buňkách linie BY-2 transformovaných genem pro GFP. Charakteristiky ER budou odhadovány současnými stereologickými metodami a technikami analýzy obrazu aplikovanými na trojrozměrná obrazová data získaná 2-fotonovou a konfokální mikroskopií.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EA - Morphology and cytology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
JC - Computer hardware and software
10601 - Cell biology
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
20206 - Computer hardware and architecture
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Image analysis methods for measuring the length density of endoplasmic reticulum (ER) tubules in tobacco cells were developed and implemented. Changes in ER structure were found during early phases of toxic influence of Al ions and latrunculin B.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2003
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-AV0-KJ-U/07:5
Data delivery date
Feb 12, 2014
Finance
Total approved costs
1,767 thou. CZK
Public financial support
1,186 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
1 767 CZK thou.
Public support
1 186 CZK thou.
67%
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
CEP
EA - Morphology and cytology
Solution period
01. 01. 2003 - 01. 01. 2005