Theoretical basis for the integration and optimization of innovative scheme
Project goals
The subject navrhnovaného project is the formulation of original theoretical methods, based on mathematical programming that may be used to optimize breeding programs of forest trees. The objective optimization is the maximum value of genetic gain (aggregated additive genetic value) while maintaining the desired gene diversity. The theoretical basis of this project is the work of Lindgren and Matheson (1986), who designed the elegant mathematical procedure to calculate the optimal genetic contributionsin the population. The aim is to find a local maximum criterion function (partial derivatives), which is simply the sum of the products of genetic contributions and additive genetic (breeding) values ??of individuals. The subject of optimizing the gene posts individuals in the population. From the mathematical solution shows a linear relationship between the contribution of individuals and their genetic value. The authors therefore called the following procedure as a "linear deployment". The theoreticalbasis is applied in the real conditions of forest tree breeding, eg as a methodological basis for deriving optimal contributions of individuals in breeding population (Lstibůrek et al. 2005, Lindgren et al. 2008), or when optimizing contributions in production of forest tree species, such as seed orchards (Lindgren and Mullin 1998).
Keywords
forest tree breedingquantitative geneticsmathematical programming
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
KONTAKT II
Call for proposals
KONTAKT II 3 (SMSM2013LH3)
Main participants
Česká zemědělská univerzita v Praze / Fakulta lesnická a dřevařská
Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakultaContest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-16744/2013
Alternative language
Project name in Czech
Teoretická východiska k začlenění a optimalizaci inovačního schématu
Annotation in Czech
Předmětem navrhnovaného projektu je formulace originálních teoretických postupů, na bázi matematického programování,využitelných k optimalizaci šlechtitelských programů lesních dřevin. Cílem optimalizace je maximální hodnota genetického zisku (agregovanéaditivní genetické hodnoty) při udržení požadované genové diverzity. Základním teoretickým východiskem tohoto projektu je práce Lindgrena a Mathesona (1986), kteří navrhli elegantní matematický postup ke kalkulaci optimálních genových příspěvků v populaci. Cílem je nalezení lokálního maxima kriteriální funkce (parciální derivací), která je prostým součtem součinů genových příspěvků a aditivních genetických (šlechtitelských) hodnot jedinců. Předmětem optimalizace jsou genové příspěvky jedinců v populaci. Z uvedeného matematického řešení vyplývá lineární závislost mezi příspěvkem jedince a jeho genetickou hodnotou. Autoři proto označili uvedený postup jako ?linear deployment?. Toto teoretické východisko se uplatňuje v reálných podmínkách při šlechtění lesních dřevin, tj. např. jako metodický podklad pro odvození optimálních příspěvků jedinců ve šlechtitelské populaci (Lstibůrek et al. 2005, Lindgren et al. 2008), nebo v případě optimalizace příspěvků v produkčních populacích lesních dřevin, např. v semenných sadech (Lindgren and Mullin 1998).
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The goal of the current research project was to propose a novel method on the basis of mathematical programming. Optimization routines were developed accordingly in AMPL system with general utility in forestry, two papers in impacted journals and one conference contribution. Second, stochastic simulation model was developed and results were published in impacted journal, and in a book chapter. Third goal was to apply the proposed methods in specific forest tree species. Correspondingly, two papers were submitted in 2015, one has already been accepted and the second is currently under the review.
Solution timeline
Realization period - beginning
Mar 1, 2013
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 27, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-MSM-LH-U/01:1
Data delivery date
Oct 9, 2017
Finance
Total approved costs
1,185 thou. CZK
Public financial support
1,185 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
1 185 CZK thou.
Public support
1 185 CZK thou.
100%
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
CEP
GK - Forestry
Solution period
01. 03. 2013 - 31. 12. 2015