Extremization of orchid genome composition - causes and context

Provider

Ministry of Education, Youth and Sports

Programme

—

Call for proposals

SMSM2025LU001

Main participants

Botanický ústav AV ČR, v. v. i.

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

MSMT-355/2025-36

Project name in Czech

Extremizace složení genomu orchidejí – příčiny a souvislosti

Annotation in Czech

Cílem předloženého projektu je odhalení mechanismu extremizace složení genomu orchidejí s částečnou endoreplikací (PE). Za tímto účelem budou testovány tři základní předpoklady – zdrojem variability jsou: 1) zejména třetí pozice v kodonech (kódujících sekvencích genů); 2) rozdíly v GC složení exonů a intronů (tj. kódujících a nekódujících sekvencích genů); 3) akumulace nebo ztráty konkrétních repetitivních elementů s odlišným nukleotidovým složením. V první fázi projektu bude cílem sestavit a anotovat referenční genomy orchidejí s nejextrémnějším obsahem GC, a to na úrovni chromozomů. Druhou fází bude srovnávací analýza těchto genomů s jinými druhy orchidejí s osekvenovanými genomy za účelem determinovat zdroje extrémního nukleotidového složení genomů. Třetí fází projektu bude intraindividuální analýza dvou frakcí jader s různým stupněm PE za účelem detekce segmentů genomu, které jsou nebo nejsou replikovány. Závěrečnou fází bude srovnávací analýza rozšíření a ekologických nároků druhů orchidejí s částečnou i konvenční endoreplikací. Takto získaná data pomohou zodpovědět otázku, čím je dána extrémní variabilita v nukleotidovém složení genomů orchidejí a které části genomu se na ní podílejí nejvyšší měrou. Dále projekt odpoví na otázku toho, které části genomu se v průběhu PE zdvojují a jde-li skutečně o funkční části genomu skýtající potenciální evoluční výhody. Evoluční význam PE bude zkoumán i z pohledu biogeografického a ekologického.

R&D category

ZV - Basic research

OECD FORD - main branch

10611 - Plant sciences, botany

OECD FORD - secondary branch

—

OECD FORD - another secondary branch

—

CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

EF - Botany

Realization period - beginning

Mar 1, 2025

Realization period - end

Dec 31, 2028

Project status

Z - Beginning multi-year project

Latest support payment

—

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP25-MSM-LU-R

Data delivery date

Feb 5, 2025

Total approved costs

9,764 thou. CZK

Public financial support

9,764 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK