Processing and analysis of three-dimensional biomedical images
Project goals
The project aims at implementation of delected methods for processing and analysis of three-dimensional image data of biomedical origin. We will test especially methods based on active contours and graph search. This form of representation should enablehighly efficient image segmentation with the possibility of user interaction. These methods can be modified for different types of image data and applications. We will focus on processing and analysis of three-dimensional image data acquired by confocalmicroscopy from human and animal tissues. Further, we will process data, obtained by magnetic resonance imaging or computer tomography, with the aim to detect brain internal structure. We will also analyze time series of video records in the study of movement activity of laboratory animals. We will develop relevant software implementations and we will also prepare software for control of image data acquisition by a confocal microscope within one focus plane as well as in different depths of the specim
Keywords
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
KONTAKT
Call for proposals
—
Main participants
—
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
5242/2010-32
Alternative language
Project name in Czech
Zpracování a analýza trojrozměrných biomedicínských obrazů
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na implementaci vybraných metod zpracování a analýzy obrazu trojrozměrných obrazových dat biomedicínského původu. Budeme testovat především metody založené na minimalizaci energetické funkce a prohledávání grafů. Tato forma reprezentace by měla umožnit realizaci vysoce účinné segmentace obrazů s možností interaktivního ovládání. Tyto metody lze modifikovat pro různé typy obrazových dat a aplikací. V projektu se zaměříme na zpracování a analýzu trojrozměrných obrazových dat nasnímanýchkonfokálním mikroskopem z lidských a živočišných tkání. Dále budeme zpracovávat data, získaná magnetickou rezonancí či počítačovou tomografií, s cílem detekovat vnitřní strukturu mozku. Budeme rovněž analyzovat časové série snímků videozáznamu při studiu pohybové aktivity laboratorních zvířat. Vyvineme příslušné softwarové implementace a rovněž připravíme software pro řízení sběru dat z konfokálního mikroskopu a eliminaci defektů v nasnímaných obrazech v rámci jedné roviny zaostření i v různých hloubk
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
JC - Computer hardware and software
CEP - secondary branch
EA - Morphology and cytology
CEP - another secondary branch
—
10601 - Cell biology
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
20206 - Computer hardware and architecture
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Algorithms for registration of microscopic images, detectioon of surface and software modules for stereological measurements of geometrical characteristics of particles using methods of rotator and nucleator were developed.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2011
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 2, 2011
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP12-MSM-ME-U/01:1
Data delivery date
Jul 12, 2012
Finance
Total approved costs
96 thou. CZK
Public financial support
96 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
96 CZK thou.
Public support
96 CZK thou.
100%
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
CEP
JC - Computer hardware and software
Solution period
01. 01. 2010 - 31. 12. 2011