BRCA1 alternative splicing variants and their prognostic and predictive role in breast cancer
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Ministry of Health?s Departmental Research and Development Programme III
Call for proposals
VaV pro Ministerstvo zdravotnictví III 2 (SMZ0201101)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NT12280-4/2011
Alternative language
Project name in Czech
Prognostický a prediktivní význam alternativních sestřihových variant genu BRCA1 u karcinomu prsu
Annotation in Czech
Cílem projektu je identifikace tkáňové specifičnosti sestřihových forem genu BRCA1 s ohledem na jejich význam jako prognostických a prediktivních ukazatelů karcinomu prsu. Vzorky RNA izolované z peroperačně získané mamární tkáně pacientek s ca prsu a ženbez nádoru podstupujících mamoplastiku a izolované z periferní krve budou sloužit pro syntézu cDNA. Sestřihové varianty BRCA1 mRNA budou z cDNA amplifikovány s primery zasahujícími 5' a 3' UTR sekvece BRCA1 a analyzovány fragmentační gelovou elektroforézou (Agilent 2100). Alternativní sestřihové varianty budou zaklonovány pomocí TA-klonování do vektorů a sekvenačně charakterizovány ze získaných plasmidů. Tkáňová exprese jednotlivých variant BRCA1 bude kvantifikována pomocí qPCR. Statisticky budou vyhodnoceny rozdíly v sestřihovém vzorci buněk periferní krve a mamy a mezi pacientkami s ca prsu a nenádorovou populací, u pacientek s ca prsu budou vyhodnoceny sestřihové vzorce BRCA1 mRNA ve vztahu k průběhu a léčbě onemocnění.
Scientific branches
R&D category
NV - Nonindustrial research (Applied research excluded Industrial research)
CEP classification - main branch
FD - Oncology and haematology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30204 - Oncology<br>30205 - Hematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
A new method for identifying splicing variants of BRCA1mRNA was developed. In a sample of 228 women, 36 alternative splicing variants were identified. This is a preferred analysis of expression of alternative splicing variants.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jun 1, 2011
Realization period - end
Dec 31, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 21, 2014
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-MZ0-NT-U/05:3
Data delivery date
Dec 14, 2015
Finance
Total approved costs
5,159 thou. CZK
Public financial support
5,159 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK