Classification of variants of unknown significance in cancer susceptibility genes by the multiplex PCR/NGS-based analysis of their impact on pre-mRNA splicing
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Programme to support medical applied research in 2015 to 2022
Call for proposals
Zdravotnický AV 4 (SMZ0201800001)
Main participants
Univerzita Karlova / 1. lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NV18-03-00024
Alternative language
Project name in Czech
Klasifikace variant nejasného významu nádorových predispozičních genů na základě NGS analýzy jejich dopadu na sestřih pre-mRNA
Annotation in Czech
Prevence vzniku nádorů u nosičů dědičných alterací nádorových predispozičních genů vyžaduje jasnou identifikaci zodpovědných patogenních mutací. Při analýze nádorové predispozice je odhalena řada variant s nejasným významem (VUS) komplikujících klinickou interpretaci výsledků. Pokud VUS postihují proces sestřihu transkriptu příslušného genu, lze je považovat za patogenní. V projektu se zaměříme na vyhodnocení změn sestřihového vzorce mRNA transkriptů u nosičů dědičných variant genů predisponujících ke vzniku dědičné formy karcinomu (ca) prsu a ovarií (CHEK2, PALB2, NBN, TP53, RAD51C/D, MLH1, MSH2/6, BRIP1). Nejprve provedeme identifikaci jejich sestřihových variant v normálních tkáních (leukocyty, mamární a tuková tkáň) zdravých osob bez přítomnosti dědičných variant pomocí multiplexní PCR (mPCR) umožňující amplifikaci všech sestřihových oblastí s následnou charakterizací sekvenovánín nové generace (NGS). Vyšetření RNA od nosičů VUS umožní kvalitativně (fragmentační a mPCR/NGS analýza) i kvantitativně (qPCR) identifikovat VUS způsobující změny sestřihového vzorce příslušného genu.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - secondary branch
30204 - Oncology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology<br>FD - Oncology and haematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The scientific objectives of the project were met, both the identification of native alternative splice variants (ASV) in tumour predisposing genes and the identification of an aberrant / normal finding in carriers of germline variants potentially affecting mRNA splicing. The obtained new information was used in the analysis of genetic material and also in the development of new algorithms for their analysis. Within the project, 3 works in Jimp with multiple dedications to AZV projects were published, and one Jimp with unique dedication. The publications are of very good quality and have the potential to receive a sufficient response within the scientific community and to influence the state of knowledge. Further work is still in preparation. The final report lists one project-related work without dedication to this AZV grant. The publication goals in the category Jsc were completed partially.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 6, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-MZ0-NV-U
Data delivery date
Jun 30, 2022
Finance
Total approved costs
9,940 thou. CZK
Public financial support
9,775 thou. CZK
Other public sources
165 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK