Targeted NEXT-GEN sequencing as a tool for identification of the new breast cancer susceptibility genes in high-risk patients
Project goals
Candidate genetic BC predisposition factors will be identified using the next-gen sequencing on SOLiD4 analyzer. Entire coding sequence of >250 selected genes isolated by exon trapping will be analyzed in 300 samples of high-risk (BRCA1/2-negative) BC patients and 300 controls. Following the mapping of sequencing data and bioinformatics analysis, the variants differing in frequency between analyzed sample sets will be validated in the independent sample sets of high risk patients (+250), unselected BC patients (600) and controls (600). Simultaneously, the functional effect of selected variants in mammary tumorigenesis will be studied in BC cell lines. The cells expressing transfected variants will be analyzed considering the cell viability upon genotoxic stress and DNA-repair kinetics. Influence of candidate alterations on prediction/prognosis of BC in their carriers/non-carriers will be statistically evaluated.
Keywords
hereditary breast cancercancer predispositionDNA damage response geneshigh-throughput sequencingfunctional analysisgenotyping
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Ministry of Health?s Departmental Research and Development Programme III
Call for proposals
VaV pro Ministerstvo zdravotnictví III 4 (SMZ0201301)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NT14054-3/2013
Alternative language
Project name in Czech
Cílené NEXT-GEN sekvenování jako přístup k identifikaci predispozičních genů pro vznik karcinomu prsu u vysoce rizikových pacientů
Annotation in Czech
Kandidátní genetické predispoziční faktory ovlivňující riziko vzniku ca prsu budou identifikovány pomocí next-gen sekvenování na analyzátoru SOLiD4. Kódující sekvence >250 genů izolovaná selektivní hybridizací (exon trapping) bude analyzována u 300 vzorků rizikových BRCA1/2-negativních pacientů s ca prsu a 300 kontrol. Po mapování a bioinformatické analýze bude validace alterací se statisticky odlišnou frekvencí výskytu mezi studovanými soubory provedena genotypizačními postupy (DHPLC a HRM) v rozšířených souborech vzorků vysoce rizikových pacientek (+250), neselektovaného ca prsu (600) a kontrol (600). Funkční vliv vybraných alterací v mamární tumorogenezi bude simultánně studován in vitro v modelech linií ca prsu. Zkonstruované klony buněk exprimující studované varianty budou analyzovány s ohledem na viabilitu buněk po genotoxickém poškození a kinetiku DNA reparace. Vliv kandidátních alterací na predikci/prognózu ca prsu u jejich nosičů bude statisticky vyhodnocen.
Scientific branches
R&D category
NV - Nonindustrial research (Applied research excluded Industrial research)
CEP classification - main branch
FD - Oncology and haematology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30204 - Oncology
30205 - Hematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Using NGS panel 581 genes have been analyzed in 325 high-risk BRCA1/2PALB2 wt breast cancer patients. 105 carriers of truncating variants have been identified in 25 DNA repair genes and in 48 others genes including several novel susceptibility variants.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2013
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 20, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-MZ0-NT-U/02:1
Data delivery date
Dec 19, 2016
Finance
Total approved costs
7,202 thou. CZK
Public financial support
7,202 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
7 202 CZK thou.
Public support
7 202 CZK thou.
0%
Provider
Ministry of Health
CEP
FD - Oncology and haematology
Solution period
01. 05. 2013 - 31. 12. 2015