Identification and analysis of genes and genetic defects causing rare neurodevelopmental disorders in children
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Univerzita Karlova / 2. lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-07-00165
Alternative language
Project name in Czech
Identifikace a analýza genů a genových defektů způsobujících vzácné neurovývojové poruchy u dětí
Annotation in Czech
Neurovývojové poruchy zahrnující opoždění psychomotorického vývoje, mentální retardaci, poruchy chování včetně poruch autistického spektra apod. jsou ve skutečnosti velkou skupinou vzácných onemocnění, která jsou způsobována defekty v tisících různých genech. Analýzou exomů a genomů rodin postižených dětí přispějeme k identifikaci dosud neznámých kauzálních genů, k upřesnění spekter mutací a fenotypů u genů popsaných zatím jen u malého počtu pacientů a k bližší charakterizaci genetických mechanismů těchto poruch. Exomovým sekvenováním bude analyzováno asi 70 rodin, a celogenomové sekvenování bude provedeno u asi 50 rodin bez pozoruhodného nálezu v exomu. Zdokonalení bioinformatických postupů detekce a interpretace genetických variant se zaměří na hůře detekovatelné a interpretovatelné varianty a jejich kombinace (např. strukturní varianty, varianty s možným vlivem na sestřih mRNA, recesivní kombinace jednonukleotidových a strukturních variant, mozaiky, zděděné varianty s neúplnou penetrancí apod.), a také na uživatelskou přívětivost a automatizaci postupů. Zdokonalenými postupy budou analyzovány nové rodiny a asi 80 rodin nevysvětlených v předchozím výzkumu. Vzácnost jednotlivých klinických jednotek vyžaduje spolupráci mnoha pracovišť na soustředění dostatečného množství pacientů pro fenotypová porovnání. Nutné jsou i funkční studie genů a variant, které plánujeme provádět v rámci projektu na modelu Drosofily a v rámci spoluprací i na jiných modelech. Naše zkušenost z předchozího výzkumu této tematiky ukazuje, že i v relativně malých kohortách lze identifikovat velmi zajímavé případy, které mohou přispět k lepšímu pochopení mechanismů nových neurovývojových poruch. V případě nálezů v genech již jasně asociovaných se známým onemocněním má tato analýza bezprostřední klinický význam pro rodiny konkrétních pacientů. Zdokonalení bioinformatických postupů a zkušenosti získané ve výzkumu pomohou v zavádění genomických metod do rutinní praxe.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30101 - Human genetics
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-R
Data delivery date
Feb 21, 2024
Finance
Total approved costs
13,677 thou. CZK
Public financial support
13,677 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK