Identification and analysis of genes and genetic defects causing rare neurodevelopmental disorders in children

Provider

Ministry of Health

Programme

—

Call for proposals

SMZ0202200001

Main participants

Univerzita Karlova / 2. lékařská fakulta

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

NU22-07-00165

Project name in Czech

Identifikace a analýza genů a genových defektů způsobujících vzácné neurovývojové poruchy u dětí

Annotation in Czech

Neurovývojové poruchy zahrnující opoždění psychomotorického vývoje, mentální retardaci, poruchy chování včetně poruch autistického spektra apod. jsou ve skutečnosti velkou skupinou vzácných onemocnění, která jsou způsobována defekty v tisících různých genech. Analýzou exomů a genomů rodin postižených dětí přispějeme k identifikaci dosud neznámých kauzálních genů, k upřesnění spekter mutací a fenotypů u genů popsaných zatím jen u malého počtu pacientů a k bližší charakterizaci genetických mechanismů těchto poruch. Exomovým sekvenováním bude analyzováno asi 70 rodin, a celogenomové sekvenování bude provedeno u asi 50 rodin bez pozoruhodného nálezu v exomu. Zdokonalení bioinformatických postupů detekce a interpretace genetických variant se zaměří na hůře detekovatelné a interpretovatelné varianty a jejich kombinace (např. strukturní varianty, varianty s možným vlivem na sestřih mRNA, recesivní kombinace jednonukleotidových a strukturních variant, mozaiky, zděděné varianty s neúplnou penetrancí apod.), a také na uživatelskou přívětivost a automatizaci postupů. Zdokonalenými postupy budou analyzovány nové rodiny a asi 80 rodin nevysvětlených v předchozím výzkumu. Vzácnost jednotlivých klinických jednotek vyžaduje spolupráci mnoha pracovišť na soustředění dostatečného množství pacientů pro fenotypová porovnání. Nutné jsou i funkční studie genů a variant, které plánujeme provádět v rámci projektu na modelu Drosofily a v rámci spoluprací i na jiných modelech. Naše zkušenost z předchozího výzkumu této tematiky ukazuje, že i v relativně malých kohortách lze identifikovat velmi zajímavé případy, které mohou přispět k lepšímu pochopení mechanismů nových neurovývojových poruch. V případě nálezů v genech již jasně asociovaných se známým onemocněním má tato analýza bezprostřední klinický význam pro rodiny konkrétních pacientů. Zdokonalení bioinformatických postupů a zkušenosti získané ve výzkumu pomohou v zavádění genomických metod do rutinní praxe.

R&D category

AP - Applied research

OECD FORD - main branch

30101 - Human genetics

OECD FORD - secondary branch

—

OECD FORD - another secondary branch

—

CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

EB - Genetics and molecular biology

Provider evaluation

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Project results evaluation

The project was conducted systematically throughout its duration, in full accordance with the approved objectives and without major deviations. It achieved above-standard, internationally relevant results that significantlyadvanced understanding of the genetic causes of neurodevelopmental disorders and their molecular mechanisms. A major strength lies in the close integration of diagnostic and research approaches, the use and further development of modern genomic, bioinformatic, epigenetic, and functional methods, and active participation in international collaborations. The project produced a series of high-quality publications, identified new genes and genotype–phenotype correlations, and delivered methodological innovations with potential for routine clinical application. The results have a clear and direct impact on genetic diagnostics, counseling, and patient care. Overall, the project not only met but in many aspects substantially exceeded its original objectives and represents.

Realization period - beginning

May 1, 2022

Realization period - end

Dec 31, 2025

Project status

U - Finished project

Latest support payment

Mar 4, 2025

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP26-MZ0-NU-U

Data delivery date

Jul 13, 2026

Total approved costs

13,370 thou. CZK

Public financial support

13,370 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK