Study of Chromatin Organization in Chronic Lymphocytic Leukemia
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F24%3A00137864" target="_blank" >RIV/00216224:14740/24:00137864 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://www.hematology2024.cz/" target="_blank" >https://www.hematology2024.cz/</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
STUDIUM ORGANIZACE CHROMATINU U CHRONICKÉ LYMFOCYTÁRNÍ LEUKEMIE
Original language description
Prostorová organizace chromatinu je důležitá pro základní buněčné procesy. Její hierarchickou strukturu tvoří kompartmenty, topologicky asociované domény a smyčky. Narušení organizace chromatinu může vést k deregulaci buněčných pochodů a podporovat nádorové bujení. Naším cílem bylo popsat dopady reorganizace chromatinu u chronické lymfocytární leukemie (CLL). Zaměřili jsme se na pacienty s komplexním karyotypem (CK), který je u CLL asociován s nepříznivým průběhem. Deset primárních vzorků CLL s CK jsme zpracovali metodou Micro-C pro analýzu konformace chromatinu. Pomocí bioinformatických nástrojů jsme vyhodnotili interakce DNA a popsali změny v počtu kopií (CNV) a strukturní varianty (SV). Získané výsledky jsme zhodnotili ve vztahu k výsledkům rutinních i výzkumných cytogenomických a sekvenačních metod. Dále jsme detekovali vznik nových chromatinových struktur, které jsme u vybraných vzorků korelovali se změnami genové exprese stanovené RNA sekvenováním. Ve všech vzorcích jsme popsali specifické strukturní přestavby a jejich dopad na přeuspořádání chromatinu. V porovnání s ostatními metodami se Micro-C jeví jako spolehlivé pro detekci aberací ≥ 50 kb a především translokací. CNV profily získané různými metodami byly analogické. Dále jsme popsali vznik nových domén a smyček v důsledku SV u všech vzorků, které často korelovaly se změnou genové exprese. Nádorový genom podléhá rozsáhlé reorganizaci následkem chromozomových přestaveb a změnám v interakcích chromatinu. Náš výzkum poukazuje na význam studia konformace chromatinu, které poskytuje poznatky o fungování a expresi nádorového genomu a může objasnit příčiny biologických a klinických projevů nemoci.
Czech name
STUDIUM ORGANIZACE CHROMATINU U CHRONICKÉ LYMFOCYTÁRNÍ LEUKEMIE
Czech description
Prostorová organizace chromatinu je důležitá pro základní buněčné procesy. Její hierarchickou strukturu tvoří kompartmenty, topologicky asociované domény a smyčky. Narušení organizace chromatinu může vést k deregulaci buněčných pochodů a podporovat nádorové bujení. Naším cílem bylo popsat dopady reorganizace chromatinu u chronické lymfocytární leukemie (CLL). Zaměřili jsme se na pacienty s komplexním karyotypem (CK), který je u CLL asociován s nepříznivým průběhem. Deset primárních vzorků CLL s CK jsme zpracovali metodou Micro-C pro analýzu konformace chromatinu. Pomocí bioinformatických nástrojů jsme vyhodnotili interakce DNA a popsali změny v počtu kopií (CNV) a strukturní varianty (SV). Získané výsledky jsme zhodnotili ve vztahu k výsledkům rutinních i výzkumných cytogenomických a sekvenačních metod. Dále jsme detekovali vznik nových chromatinových struktur, které jsme u vybraných vzorků korelovali se změnami genové exprese stanovené RNA sekvenováním. Ve všech vzorcích jsme popsali specifické strukturní přestavby a jejich dopad na přeuspořádání chromatinu. V porovnání s ostatními metodami se Micro-C jeví jako spolehlivé pro detekci aberací ≥ 50 kb a především translokací. CNV profily získané různými metodami byly analogické. Dále jsme popsali vznik nových domén a smyček v důsledku SV u všech vzorků, které často korelovaly se změnou genové exprese. Nádorový genom podléhá rozsáhlé reorganizaci následkem chromozomových přestaveb a změnám v interakcích chromatinu. Náš výzkum poukazuje na význam studia konformace chromatinu, které poskytuje poznatky o fungování a expresi nádorového genomu a může objasnit příčiny biologických a klinických projevů nemoci.
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
—
OECD FORD branch
30204 - Oncology
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2024
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů