KRD kit for NGS library preparation

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F26424991%3A_____%2F20%3AN0000003" target="_blank" >RIV/26424991:_____/20:N0000003 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

KRD kit pro přípravu NGS knihovny

Original language description

Z hlediska přípravy a optimalizace „KRD Kitu pro přípravu NGS knihovny“ byly testovány rutinní manipulace s DNA jako je izolace, purifikace a příprava vlastní knihovny s využitím rozličných kitů s důrazem na reproducibilitu výsledků. NGS knihovny byly následně sekvenovány pomocí NGS sekvenátoru Illumina. Na základě získaných dat z NGS sekvenování byly sestaveny sety dat ze dvou technologií, a sice z genového panelu a z celoexomového sekvenování. Tyto datové sety byly předmětem extensivního bioinformatického zpracování s konkrétním výsledkem, a to stanovení panelu genů k zjištění nejen somatických mutací, ale i vrozených variant (se zjištěnou asociací s malignitami) v krvetvorných buňkách, jež hrají roli při vzniku hematologických malignit a onemocnění krvetvorby nejasného původu a jejich průběžného sledování podle výskytu u pacientů s MDS v české populaci. Na základě NGS analýz byly následně také navrženy i vybrané validační sety (viz. Užitný vzor) pro zjišťování konkrétních aktivačních mutací v genech pro IDH1, IDH2, DNMT3A, EZH2, a ASXL1.

Czech name

KRD kit pro přípravu NGS knihovny

Czech description

—

Type

G_prot - Prototype

CEP classification

—

OECD FORD branch

30401 - Health-related biotechnology

Project

<a href="/en/project/EG16_083%2F0010326" target="_blank" >EG16_083/0010326: Introducing a testing of somatic mutations in hematopoietic cells</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2020

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Internal product ID

KRD kit pro přípravu NGS knihovny

Numerical identification

KRD kit pro přípravu NGS knihovny

Technical parameters

Z hlediska přípravy a optimalizace „KRD Kitu pro přípravu NGS knihovny“ byly testovány rutinní manipulace s DNA jako je izolace, purifikace a příprava vlastní knihovny s využitím rozličných kitů s důrazem na reproducibilitu výsledků. NGS knihovny byly následně sekvenovány pomocí NGS sekvenátoru Illumina. Na základě získaných dat z NGS sekvenování byly sestaveny sety dat ze dvou technologií, a sice z genového panelu a z celoexomového sekvenování. Tyto datové sety byly předmětem extensivního bioinformatického zpracování s konkrétním výsledkem, a to stanovení panelu genů k zjištění nejen somatických mutací, ale i vrozených variant (se zjištěnou asociací s malignitami) v krvetvorných buňkách, jež hrají roli při vzniku hematologických malignit a onemocnění krvetvorby nejasného původu a jejich průběžného sledování podle výskytu u pacientů s MDS v české populaci. Na základě NGS analýz byly následně také navrženy i vybrané validační sety (viz. Užitný vzor) pro zjišťování konkrétních aktivačních mutací v genech pro IDH1, IDH2, DNMT3A, EZH2, a ASXL1.

Economical parameters

Výdaje na Prototyp kitu činily 35% celkových nákladů.

Application category by cost

—

Owner IČO

26424991

Owner name

KRD- obchodní společnost s.r.o.

Owner country

CZ - CZECH REPUBLIC

Usage type

N - Využití výsledku jiným subjektem je možné bez nabytí licence (výsledek není licencován)

Licence fee requirement

N - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek

Web page

—