Towards multilocus sequence typing of the Leishmania donovani complex: Resolving genotypes and haplotypes for five polymorphic metabolic enzymes (ASAT, GPI, NH1, NH2, PGD)

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F06%3A00048468" target="_blank" >RIV/60077344:_____/06:00048468 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/60076658:12310/06:00008778

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Towards multilocus sequence typing of the Leishmania donovani complex: Resolving genotypes and haplotypes for five polymorphic metabolic enzymes (ASAT, GPI, NH1, NH2, PGD)

Original language description

So far, thousands of Leishmania strains have been phenotyped by multilocus enzyme electrophoresis. Here, we sequence enzyme-coding genes to provide a PCR-based higher resolution equivalent of multilocus enzyme electrophoresis, particularly for Leishmaniainfantum. Of 15 enzymes used for multilocus enzyme electrophoresis (MON typing) we have sequenced aspartate aminotransferase, glucose-6-phosphate isomerase, nucleoside hydrolase 1, nucleoside hydrolase 2 and 6-phosphogluconate dehydrogenase. Heterozygous alleles were common, with multiple heterozygous sites within a single locus for several of the genes. Haplotypes were resolved by allele-specific PCR and allele-specific sequencing. Heterozygous haplotypes conformed to the haplotypes of putative parents. In most cases, a single amino acid polymorphism was responsible for change in enzyme mobility. Silent genetic polymorphisms provided enhanced discrimination over multilocus enzyme electrophoresis.

Czech name

Za účelem multilokusového sekvenačního typování komplexu Leishmania donovani: Rozlišení genotypů a fenotypů pro 5 polymorfních metabolických enzymů (ASAT, GPI, NH1, NH2, PGD)

Czech description

Do této doby bylo metodou multilokusová enzymová elektroforéza fenotypizováno na tisíce Leishmania kmenů. Zde jsme sekvenovali geny kódující enzymy k provedení testu s vyšším rozlišením oproti multilokusové enzymové elektroforéze založené na PCR, zejménapro Leishmania infantum. Z 15 enzymů používaných pro tuto metodu (MON typování) jsme osekvenovali aspartát aminotransferázu, glucose-6-phosphate isomerázu, nucleoside hydrolázu 1, nucleoside hydrolázu 2 and 6-phosphogluconate dehydrogenázu. Heterozygotní alely byly běžné, s četnými heterozygotními místy v rámci jednoho lokusu pro několik genů. Haplotypy byly rozlišeny specifickým sekvenováním. Heterozygotní haplotypy se shodují s haplotypy předpokládáných rodičů. Ve většině případů byla jedna změna aminokyseliny zodpovědná za změnu enzymové mobility. Tiché genetické mutace zajišťují zvýšené rozlišení oproti multilokusové enzymové elektroforéze.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

International Journal for Parasitology

ISSN

0020-7519

e-ISSN

—

Volume of the periodical

36

Issue of the periodical within the volume

7

Country of publishing house

AU - AUSTRALIA

Number of pages

13

Pages from-to

757-769

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—