Methodology for diagnosing Helminthosporium solani in potato tubers using real-time PCR

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60109807%3A_____%2F23%3AN0000055" target="_blank" >RIV/60109807:_____/23:N0000055 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/62156489:43210/23:43924872

Result on the web

<a href="https://www.vubhb.cz/cs/knihovna/certifikovane-metodiky" target="_blank" >https://www.vubhb.cz/cs/knihovna/certifikovane-metodiky</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Metodika diagnostiky Helminthosporium solani v hlízách bramboru pomocí real-time PCR

Original language description

Cílem certifikované metodiky je optimalizace molekulárních metod diagnostiky Helminthosporium solani Durieu & Mont., (1849), původce stříbřitosti slupky, v posledních letech důležité skládkové choroby bramboru (Solanum tuberosum L.), která snižuje především tržní hodnotu hlíz. Použité metody založené na PCR, tj. TaqMan real-time PCR a SybrGreen real-time PCR, zvýší citlivost detekce H. solani v hlízách bramboru, zajistí vyšší spolehlivost a rychlost diagnostiky. Protokoly budou optimalizovány pro použití v běžné diagnostické laboratoři vybavené zařízením pro molekulární biologii.

Czech name

Metodika diagnostiky Helminthosporium solani v hlízách bramboru pomocí real-time PCR

Czech description

Cílem certifikované metodiky je optimalizace molekulárních metod diagnostiky Helminthosporium solani Durieu & Mont., (1849), původce stříbřitosti slupky, v posledních letech důležité skládkové choroby bramboru (Solanum tuberosum L.), která snižuje především tržní hodnotu hlíz. Použité metody založené na PCR, tj. TaqMan real-time PCR a SybrGreen real-time PCR, zvýší citlivost detekce H. solani v hlízách bramboru, zajistí vyšší spolehlivost a rychlost diagnostiky. Protokoly budou optimalizovány pro použití v běžné diagnostické laboratoři vybavené zařízením pro molekulární biologii.

Type

N_metC - Methodology certified by the authorised body

CEP classification

—

OECD FORD branch

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Project

<a href="/en/project/QK21010083" target="_blank" >QK21010083: Ecological protection of ware potatoes as a healthy vegetable against selected soilborne and seedborne pathogens</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2023

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

praktické informace č. 90

Regulation ID

UKZUZ 213609/2023

Technical parameters

Byla uzavřena smlouva o implementaci metodiky se společností Vesa Velhartice, a.s.

Economical parameters

Zavedení metodiky do laboratorní praxe (laboratoře přístrojově vybavené na molekulární metody) vyžaduje tyto náklady: Pro detekci H.solani je nezbytné pořízení speciálního přístrojového vybavení jako je termocykler pro real-time PCR (300–500 tis. Kč). Cena za extrakci DNA z jednoho vzorku pletiva bramboru potřebné pro real-time PCR je 50–150 Kč (dle zvolené extrakční sady). Vlastní náklady na detekci H. solani pomocí real-time PCR jsou 100–140 Kč (TaqMan, jeden test; dle zvolené reakční sady) nebo 20–50 Kč (Sybr Green; jeden test; dle zvolené reakční sady). Ceny jsou kalkulovány na základě nejlevnější nabídky spotřebního materiálu, nezahrnují režie v a jsou bez DPH. Metoda Sybr Green real-time PCR je v současnosti levnější z důvodu absence sondy, kterou vyžaduje TaqMan real-time PCR. Konvenční PCR je cenově srovnatelná s metodou Sybr Green real-time PCR. Vyžaduje však analýzu konečného produktu pomocí gelové elektroforézy.

Certification body designation

ÚKZÚZ

Date of certification

—

Method of use

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů