3D visualization of large biological tissue specimens captured by a confocal microscope

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985823%3A_____%2F06%3A00080553" target="_blank" >RIV/67985823:_____/06:00080553 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/68407700:21460/06:12119826

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

3D visualization of large biological tissue specimens captured by a confocal microscope

Original language description

Digital volume reconstruction is a technique for rendering and visualization of a biological specimen which is greater than the field of view of a used optical instrument - a confocal laser scanning microscope in our case. Prior to the volume reconstruction, large biological specimens are cut to thin physical slices. The first step of volume reconstruction is acquisition of sets of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is composition of neighbouring spatial tiles of the same physical slice. The third reconstruction step is registration and merging of digital volumes of neighbouring physical slices of the specimen. The resulting large digital volumes are rendered and visualized using a VolumePro hardware board that offers real-time 3D volume rendering. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney

Czech name

3D vizualizace velkých biologických vzorků nasnímaných konfokálním mikroskopem

Czech description

Objemová rekonstrukce je metoda sloužící k vizualizaci trojrozměrné struktury biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je horizontální či axiální zorné pole snímacího systému (v našem případě laserového konfokálního mikroskopu).Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Pak se snímají všechny sousedící a překrývající se objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové sousedící obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole).První krok objemové rekonstrukce představuje složení překrývajících se sousedních zorných polí téhož fyzického řezu. Složené objemové obrazy fyzických řezů je pak nutno složit ve výsledný objemový obraz reprezentující celý biologický vzorek. Výsledný digitální objem jsem vizualizovali s využitím karty VolumePro nabízející 3D zobrazení rastrových dat v reálném čase

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

JC - Computer hardware and software

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Proceedings S4G.

ISBN

80-7015-037-8

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

6

Pages from-to

477-482

Publisher name

Union of Czech Mathematicians and Physicists

Place of publication

Praha

Event location

Prague

Event date

Jun 26, 2006

Type of event by nationality

WRD - Celosvětová akce

UT code for WoS article

—