Volume reconstruction of large biological tissue specimens

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985823%3A_____%2F06%3A00080622" target="_blank" >RIV/67985823:_____/06:00080622 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/68407700:21460/06:00120004

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Volume reconstruction of large biological tissue specimens

Original language description

Volume reconstruction is a technique for visualization of a biological specimen which is greater than the field of view of a used optical instrument - a confocal laser scanning microscope in our case. The first step of volume reconstruction is acquisition of sets of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is horizontal merging of overlapping spatial tiles of the same physical slice (mosaicking). The third reconstruction step is vertical merging of digital volumes of successive physical slices of the specimen. The resulting large digital volumes are visualized using a VolumePro hardware board that offers real-time 3D volume rendering. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney

Czech name

Objemová rekonstrukce velkých biologických tkáňových vzorků

Czech description

Objemová rekonstrukce slouží k trojrozměrné vizualizaci biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je zorné pole snímacího systému (laserového konfokálního mikroskopu).Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Následně se snímajívšechny sousedící objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole).První krok objemové rekonstrukce představuje složení překrývajících se sousedních zorných polí téhož fyzického řezu. Složené objemové obrazy fyzických řezů je pak nutno složit ve výsledný objemový obraz reprezentující celý biologický vzorek. Výsledný digitální objem jsem vizualizovali s využitím karty VolumePro nabízející 3D zobrazení rastrových dat v reálném čase

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

JC - Computer hardware and software

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Advanced Engineering Design AED 2006

ISBN

80-86059-44-8

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

6

Pages from-to

—

Publisher name

ČVUT

Place of publication

Praha

Event location

Praha

Event date

Jun 11, 2006

Type of event by nationality

EUR - Evropská akce

UT code for WoS article

—