Volume visualization of large biological tissue specimens

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985823%3A_____%2F06%3A00080620" target="_blank" >RIV/67985823:_____/06:00080620 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/68407700:21460/06:12119995

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Volume visualization of large biological tissue specimens

Original language description

We apply volume reconstruction for visualization of a biological specimen greater than the field of view of a confocal laser scanning microscope. Prior to the volume reconstruction, large specimens are cut into thin physical slices. The first step of volume reconstruction is acquisition of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is horizontal merging of overlapping spatial tiles of the same physical slice using a registration algorithm basedon a mutual information and translation. The third reconstruction step is vertical merging of digital volumes of successive physical slices using an elastic registration algorithm based on B-splines. The resulting large digital volumes are visualized bya VolumePro hardware board that provides volume rendering in real-time. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney.

Czech name

Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků

Czech description

Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků se skládá z následujících kroků: nařezání preparátu na tenké fyzické řezy, nasnímání překrývajících se obrazových dat z fyzických řezů, horizontální skládání překrývajících se obrazových dat s použitím registrace do 3D sub-obrazu reprezentující jeden fyzický řez, vertikální skládání sub-obrazů fyzických řezů s použitím elastické registrace do výsledné 3D reprezentace biologického preparátu a vizualizace 3D obrazu s využitím VolumePro hardware

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

JC - Computer hardware and software

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Analysis of Biomedical Signals and Images

ISBN

80-214-3152-0

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

3

Pages from-to

230-232

Publisher name

VUTIUM Press

Place of publication

Brno

Event location

Brno

Event date

Jun 28, 2006

Type of event by nationality

EUR - Evropská akce

UT code for WoS article

—