Volume reconstruction of large tissue specimens from serial physical sections using confocal microscopy and correction of cutting deformations by elastic registration

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985823%3A_____%2F09%3A00323668" target="_blank" >RIV/67985823:_____/09:00323668 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/00216208:11110/09:3835 RIV/68407700:21460/09:00153773

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Volume reconstruction of large tissue specimens from serial physical sections using confocal microscopy and correction of cutting deformations by elastic registration

Original language description

A set of methods leading to volume reconstruction of biological specimens larger than the field of view of a confocal laser scanning microscope (CLSM) is presented. Large tissue specimens are cut into thin physical slices and volume data sets are captured from all studied physical slices by CLSM. Overlapping spatial tiles of the same physical slice are stitched in horizontal direction. Image volumes of successive physical slices are linked in axial direction by applying an elastic registration algorithmto compensate for deformations due to cutting the specimen. We present a method enabling us to keep true object morphology using a-priori information about the shape and size of the specimen, available from images of the cutting planes captured by a USBlight microscope immediately before cutting the specimen by a microtome. The errors introduced by elastic registration are evaluated using a stereological point counting method and the Procrustes distance

Czech name

Objemová rekonstrukce velkých biologických tkáňových vzorků ze sériových fyzických řezů s použitím konfokální mikroskopie a korekce deformací elastickou deformací

Czech description

Popisujeme soubor metod vedoucí k objemové rekonstrukci z konfokálních dat nasnímaných z velkých biologických preparátů. Objemovou rekonstrukci využíváme pro vizualizaci biologických preparátů, které jsou větší, než je velikost zorného pole a/nebo silnější v tloušťce než je hloubka průniku laserového paprsku konfokálního mikroskopu. Metody demonstrujeme rekonstrukcí střední části 17denního embrya laboratorní krysy

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

JD - Use of computers, robotics and its application

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2009

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Microscopy Research Technique

ISSN

1059-910X

e-ISSN

—

Volume of the periodical

72

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

10

Pages from-to

—

UT code for WoS article

263511100008

EID of the result in the Scopus database

—