Mapping the B-A conformational transition along plasmid DNA

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F05%3A00001074" target="_blank" >RIV/68081707:_____/05:00001074 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Mapping the B-A conformational transition along plasmid DNA

Original language description

We illustrate properties of the method with the B-A conformational transition induced by ethanol in linearized pUC19 plasmid DNA. At various ethanol concentrations, the DNA was irradiated with UV light, transferred to a restriction endonuclease buffer and the irradiated DNA was cleaved by 17 restrictases. The irradiation damaged DNA and the damage blocked the restrictase cleavage. The amount of uncleaved, i.e. damaged, DNA depended on the concentration of ethanol in a characteristic S-shape way typicalof the cooperative B-A transition. The transition beginning and midpoint were determined for each restrictase. These data map the B-A transition along the whole polylinker of pUC19 DNA and six evenly distributed recognition sequences within the rest of the plasmid. The transition midpoints fell within the B-A transition region of the plasmid determined by CD spectroscopy. The present method complements the previous ones used to study the B-A transition.

Czech name

Mapování konformačního B?A přechodu v plasmidové DNA

Czech description

V práci dokumentujeme vlastnosti metody u konformačního B?A přechodu, indukovaného ethanolem v linearizovaném plasmidu pUC19. DNA, ozářená UV světlem v různých koncentracích EtOH, byla následně štěpena 17 restriktasami. Ozáření poškodilo DNA; toto poškození inhibovalo restrikční štěpení. Množství neštěpené, tj. poškozené DNA záviselo na koncentraci EtOH podle charakteristické sigmoidy, typické pro kooperativní B?A přechod. Pro každou restriktasu byly stanoveny hodnoty počátku a poloviny přechodu. Taktobyl zmapován celý polylinker pUC19 a šest nahodilých rekogničních sekvencí ve zbylé části plasmidu. Hodnoty poloviny přechodu odpovídají oblasti B?A přechodu paralelně stanoveného u plasmidu CD spektroskopií. Naše metoda doplňuje stávající metody používané ke studiu B?A přechodů.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2005

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Nucleic Acids Research

ISSN

0305-1048

e-ISSN

—

Volume of the periodical

33

Issue of the periodical within the volume

1 e5

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

8

Pages from-to

1-8

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—