Length distribution of long interspersed nuclear elements (LINEs) and processed pseudogenes of human endogenous retroviruses: implications for retrotransposition and pseudogene detection

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F02%3A00108985" target="_blank" >RIV/68378050:_____/02:00108985 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Length distribution of long interspersed nuclear elements (LINEs) and processed pseudogenes of human endogenous retroviruses: implications for retrotransposition and pseudogene detection

Original language description

We have analyzed the length distribution of LINEs and of processed pseudogenes derived from HERV-W. As expected, we have found that the majority of 5´ truncated LINEs and HERV-W processed pseudogenes show a prevalence of very short elements terminated close to the 3´ end. On the other hand, the number of complete elements is far above the expectation. The characteristic distribution in both cases indicates two important conclusions: (i) dissociation of LINE RT from the template cannot be fully explainedby low processivity of RT modelled as a stochastic, Poisson-type process. (ii) Currently cited numbers of pseudogenes within the human genome are underestimated, since a large percentage of pseudogenes are terminated in the 3´ untranslated region and remain undetectable in translated homology searches of protein databases against the human genome

Czech name

Délková distribuce retroelementů LINE a procesovaných pseudogenů lidských endogenních retrovirů: implikace pro retrotranspozici a detekci pseudogenů

Czech description

Analyzovali jsme délkovou distribuci LINE a procesovaných pseudogenů odvozených od HERV-W. Podle očekávání jsme zjistili, že většina 5´-zkrácených LINE a procesovaných pseudogenů HERV-W vykazuje převahu velmi krátkých elementů ukončených poblíž 3´-konce.Na druhé straně byl počet úplných elementů mnohem vyšší, než jsme očekávali. Charakteristická distribuce v obou případech naznačuje dva důležité závěry: (i) disociaci LINE RT od templátu nelze plně vysvětlit nízkou procesivitou RT modelovanou jako stochastický proces Poissonova typu. (ii) Běžně uváděné počty pseudogenů v lidském genomu jsou podhodnocené, jelikož vysoký podíl psedogenů je ukončen v 3´-netranslatované oblasti a nelze je detekovat vyhledáváním v databázích proteinů translatovanou homologií s lidským genomem

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA204%2F01%2F0632" target="_blank" >GA204/01/0632: Pattern of DNA methylation in retroviral regulatory sequences</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2002

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Gene

ISSN

0378-1119

e-ISSN

—

Volume of the periodical

300

Issue of the periodical within the volume

1-2

Country of publishing house

NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS

Number of pages

6

Pages from-to

246-249

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—