Processed pseudogenes of human endogenous retroviruses generated by LINEs: their integration, stability, and distribution
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F02%3A00108987" target="_blank" >RIV/68378050:_____/02:00108987 - isvavai.cz</a>
Alternative codes found
RIV/68378050:_____/02:00191514
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Processed pseudogenes of human endogenous retroviruses generated by LINEs: their integration, stability, and distribution
Original language description
We report here the presence of numerous processed pseudogenes derived from the W family of endogenous retroviruses in the human genome. These pseudogenes are structurally colinear with the retroviral mRNA followed by a poly(A) tail. Our analysis of insertion sites of HERV-W processed pseudogenes shows a strong preference for the insertion motif of long interspersed nuclear element (LINE) retrotransposons. The genomic distribution, stability during evolution, and frequent truncations at the 5´ end resemble those of the pseudogenes generated by LINEs. We therefore suggest that HERV-W processed pseudogenes arose by multiple and independent LINE-mediated retrotransposition of retroviral mRNA. These data document that the majority of HERV-W copies are actually nontranscribed promoterless pseudogenes. The current search for HERV-Ws associated with several human diseases should concentrate on a small subset of transcriptionally competent elements
Czech name
Procesované pseudogeny lidských endogenních retrovirů generovaných LINE: jejich integrace, stabilita a distribuce
Czech description
Popisujeme zde přítomnost řady procesovaných pseudogenů odvozených z rodiny W endogenních retrovirů v lidském genomu. Tyto pseudogeny jsou strukturně kolineární, s retrovirovou mRNA ukončenou poly(A). Naše analýza inzerčních míst procesovaných pseudogenůHERV-W ukazuje silnou preferenci pro inzerční motiv retrotranspozonů LINE. Distribuce v genomu, stabilita během evoluce a časté zkracování na 5´-konci připomínají podobné jevy u pseudogenů generovaných LINE. Domníváme se proto, že procesované pseudogenyHERV-W vznikly mnohonásobnou a nezávislou retrotranspozicí retrovirové mRNA zprostředkovanou LINE. Tyto údaje ukazují, že většina kopií HERV-W ve skutečnosti představuje netranskribované pseudogeny bez promotorů. Současné hledání HERV-W spojených s různými lidskými chorobami by se mělo soustředit na malou podskupinu transkripčně kompetentních elementů
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2002
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Genome Research
ISSN
1088-9051
e-ISSN
—
Volume of the periodical
12
Issue of the periodical within the volume
3
Country of publishing house
US - UNITED STATES
Number of pages
9
Pages from-to
391-399
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—