Length distribution of long interspersed nucleotide elements (LINEs) and processed pseudogenes of human endogenous retroviruses: implications for retrotransposition and pseudogene detection

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F02%3A00191516" target="_blank" >RIV/68378050:_____/02:00191516 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Length distribution of long interspersed nucleotide elements (LINEs) and processed pseudogenes of human endogenous retroviruses: implications for retrotransposition and pseudogene detection

Original language description

Deciphering the human genome includes reliable identification and structural characterization of individual retrotransposon elements. The most active group of autonomous transposable elements, the long interspersed nuclear elements (LINE), transpose themselves as well as other RNAs, including those of human endogenous retroviruses (HERV). We have analyzed the length distributions of LINEs and of processed pseudogenes derived from HERV-W. The characteristic distribution in both cases indicates two important conclusions: (i) dissociation of LINE RT from the template cannot be fully explained by low processivity of RT modelled as a stochastic, Poisson-type process. (ii) Currently cited numbers of pseudogenes within the human genome are underestimated, since a large percentage of pseudogenes are terminated in the 3' untranslated region and remain undetectable in translated homology searches of protein databases against the human genome.

Czech name

Délková distribuce elementů LINE a procesovaných pseudogenů lidských endogenních retrovirů: význam pro retrotranspozici a detekci pseudogenů

Czech description

K rozluštění lidského genomu je nezbytná spolehlivá identifikace a strukturální charakterizace jednotlivých retrotranspozičních elementů. Nejaktivnější skupinou autonomně transponovaných elementů jsou LINE zahrnující lidské endogenní retroviry, HERV. Studovali jsme délkovou distribuci elementů LINE a procesovaných pseudogenů odvozených z HERV-W. Zjistili jsme, že tato distribuce neodpovídá současně uváděným datům zejména díky vysokému výskytu těžko detekovatelných silně zkrácených retrotranspozonů.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2002

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Gene

ISSN

0378-1119

e-ISSN

—

Volume of the periodical

300

Issue of the periodical within the volume

1-2

Country of publishing house

NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS

Number of pages

2

Pages from-to

189-194

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—