High copy number in human endogenous retrovirus families is associated with copying mechanisms in addition to reinfection

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F05%3A00029060" target="_blank" >RIV/68378050:_____/05:00029060 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

High copy number in human endogenous retrovirus families is associated with copying mechanisms in addition to reinfection

Original language description

There are at least 31 families of human endogenous retroviruses (HERVs), each derived from an independent infection by an exogenous virus. Using evidence of purifying selection on HERV genes, we have shown previously that reinfection by replication-competent elements was the predominant mechanism of copying in some families. Here we analyze the evolution of 17 HERV families using d(N)/d(S) ratios and find a positive relationship between copy number and the use of additional copying mechanisms. All families with more than 200 elements have also used one or more of the following mechanisms: (1) complementation in trans (elements copied by other elements of the same family; HERV-H and ERV-9), (2) retrotransposition in cis (elements copying themselves) within germ-line cells (HERV-K(HML3)), and (3) being copied by non-HERV machinery (HERV-W). We discuss why these other mechanisms are rare in most families and suggest why complementation in trans is significant only in the larger families.

Czech name

Vysoký počet lidských endogenních retrovirů v jednotlivých rodinách je asociován s kopírovacími mechanismy a reinfekcí

Czech description

Je popsáno minimálně 31 rodin lidských endogenních retrovirů (HERV), každá odvozená od nezávislé infekce exogenním virem. Dříve jsme pomocí důkazu čistící selekce na HERV genech popsali, že reinfekce replikačně kompetentního elementu byla hlavním mechanismem kopírování v některých rodinách. Zde analyzujeme evoluci 17ti HERV rodin pomocí poměru d(N)/d(S). Objevili jsme pozitivní korelaci mezi množstvím členů rodiny a dalšího kopírovacího mechanismu. všechny rodiny s více než 200 členy použili dodatečně jeden z těchto mechanismů: (1) trans komplementace (elementy jsou kopírovány členy stejné rodiny; HERV-H a ERV-9), (2) cis retrotranspozice (elementy se kopírují samy) v germinální linii (HERV-K(HML3)) a (3) kopírování nezávislé na HERV mašinerii. Rozebíráme, proč jsou tyto mechanismy vzácné ve většině rodin a proč je komplementace v trans významná pouze pro velké rodiny.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/1M0520" target="_blank" >1M0520: Center for Applied Genomics</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2005

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Molecular Biology and Evolution

ISSN

0737-4038

e-ISSN

—

Volume of the periodical

22

Issue of the periodical within the volume

4

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

4

Pages from-to

814-817

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—