Kvalitativní a kvantitativní analýza působení pseudotrypsinu na proteinové substráty jako příspěvek pro proteomiku

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

Šestý rámcový program Evropského společenství pro výzkum, technický rozvoj a demonstrační činnosti

Veřejná soutěž

FP6-2004-Mobility-1

Hlavní účastníci

Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta

Druh soutěže

RP - Spolufinancování programu EK

Číslo smlouvy

MSMT-1462/2015-1

Název projektu anglicky

Qualitative and quantitative analysis of the performance of pseudotrypsin towards protein substrates as a contribution to proteomics

Anotace anglicky

The aim of the project is to characterize pseudotrypsin, a proteolytic enzyme which arises during a partial autolytic degradation of trypsin residing in the cleavage of the peptide bond between residues Lys176 and Asp177. Our aim is to optimize the procedure for the preparation and purification of pseudotrypsin and confirm its obtaining in a pure form by biochemical and bioanalytical methods such as ion-mobility mass spectrometry. Pseudotrypsin activity will be tested with artificial spectrophotometricpeptide substrates containing aromatic amino acids adjacent to the expected pseudotrypsin cleavage site. The enzyme will be used to prepare digests of protein standards and complex protein samples. The resulting peptide mixtures will be separated by HPLCand analyzed by mass spectrometry with electrospray ionization or matrix-assisted laser desorption/ionization. Based on the analysis of fragmentation spectra from tandem mass spectrometry of peptides leading to the determination of amino acid sequences,the cleavage preference of pseudotrypsin towards amino acid sites will be characterized. Data will be evaluated based on database searches with the experimental datasets and statistically processed. A comparison with data obtained by a digestion with chymotrypsin, which normally cleaves after aromatic amino acid residues, will indicate whether the effects of pseudotrypsin are similar to those of chymotrypsin or not. The expected benefits will also include the first detailed characterization of enzymological properties of pseudotrypsin, which will be used to predict the occurrence of semispecific and non-specific peptides in tryptic protein digests. The production of pseudotrypsin during autolysis of trypsin may affect the results and reproducibility of trypsin digestion of protein samples, which is supposed to have a major impact especially on quantitative analysis in proteomics.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CE - Biochemie

CEP - vedlejší obor

CB - Analytická chemie, separace

CEP - další vedlejší obor

BO - Biofyzika

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10406 - Analytical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt byl realizován v rámci Aktivity MOBILITY, jejímž hlavním cílem je navázání a prohlubování kontaktů se zahraničními výzkumnými institucemi. Neprobíhá tedy kontrola dílčích výstupů projektu prostřednictvím hodnotící komise, avšak je kontrolována správnost čerpání přidělených financí a přiměřenost jejich využití.

Zahájení řešení

1. 1. 2015

Ukončení řešení

31. 12. 2016

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

15. 2. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP17-MSM-7A-U/02:1

Datum dodání záznamu

28. 6. 2017

Celkové uznané náklady

184 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

184 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč