Abstraktní interpretace a verifikace parametrizovaných booleovských regulačních sítí
Cíle projektu
Analýza dynamických systémů prostřednictvím vhodných informatických modelů je jedním ze zásadních stavebních kamenů moderního paradigmatu systémové biologie. Motivace pro použití vhodných formalismů a výpočetních technik z oblasti počítačové vědy vychází z podstaty fungování biologického systému jako souboru komplexních souběžných procesů. Jedním z široce použávaných modelů jsou tzv. boolovské regulační sítě. Cílem projektu je rozšíření existujících formálních technik pro analýzu boolovských sítí s ohledem na jejich parametrizovanost bez nutnosti generování úplného stavového prostoru. Projekt je řešen ve spolupráci dvou špičkových skupin v oblasti formálních metod -- LRI Paris-Sud (statická analýza a Petriho sítě) a Laboratoř systémové biologie (Sybila FI MU, model checking a paralelní algoritmy).
Klíčová slova
Boolean networksPetri netsabstract interpretationstatic analysismodel checking
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Program
Podpora mobility výzkumných pracovníků a pracovnic v rámci mezinárodní spolupráce ve VaVaI
Veřejná soutěž
—
Hlavní účastníci
Masarykova univerzita / Fakulta informatiky
Druh soutěže
M2 - Mezinárodní spolupráce
Číslo smlouvy
8J18FR045
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Abstract interpretation and verification of boolean regulatory networks
Anotace anglicky
Analysis of dynamical systems by means of suitable computational models is one of the cornerstones of systems biology paradigm. Motivation for using formal methods based in computer science comes from the fact that biological systems can be understood as complex concurrent processes. One of the widely used formalisms is Boolean network and its variants. The goal of the project is to extend existing formal methods for analysis of Boolean networks with respect to parameter uncertainty without the need to generate the complete state space of the network dynamics. The project is based on collaboration in-between LRI Paris-Sud and Systems Biology Laboratory at Faculty of Informatics, Masaryk University, Brno.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
OECD FORD - vedlejší obor
—
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory
(dle převodníku)AF - Dokumentace, knihovnictví, práce s informacemi
BC - Teorie a systémy řízení
BD - Teorie informace
IN - Informatika
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt byl realizován v rámci Aktivity MOBILITY, jejímž hlavním cílem je navázání a prohlubování kontaktů se zahraničními výzkumnými institucemi. Neprobíhá tedy kontrola dílčích výstupů projektu prostřednictvím hodnotící komise, avšak je kontrolována správnost čerpání přidělených financí a přiměřenost jejich využití.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2018
Ukončení řešení
31. 12. 2019
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
19. 2. 2019
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP20-MSM-8J-U/02:1
Datum dodání záznamu
29. 6. 2020
Finance
Celkové uznané náklady
108 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
98 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
108 tis. Kč
Statní podpora
98 tis. Kč
90%
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
OECD FORD
Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Doba řešení
01. 01. 2018 - 31. 12. 2019