Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 19 (SGA0201500001)

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Fakulta informatiky

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

15-11089S

Název projektu anglicky

Parameter Discovery for Biological Models Using Model Checking

Anotace anglicky

Current challenges in computational systems biology call for new insights coming from computer science, especially, the field of formal methods. This is motivated by the need for model-based computational analysis and exploration of hardly-predictable behaviour emerging from complex biological systems. The discovery of kinetic constants and other model parameters is an essential part of the typical research cycle in systems biology. The direct measurement of parameters through wet-lab experiments is often difficult or even impracticable. The proposed project primarily aims at development of new automated techniques for parameter synthesis based on fitting the computerized model to a temporal logic hypothesis. The proposed methodology uses the model checking method as known from formal verification of computer systems. In order to achieve scalability, a special emphasis is given to the development of parallel algorithms.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

IN - Informatika

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

V rámci projektu byly vyvinuty nové automatizované metody, techniky a algoritmy pro syntézu parametrů modelů. Dosažené výsledky byly publikovány v jednom článku v impaktovaném časopise a řadě konferenčních příspěvků, s přihlédnutím k dalším dosud neuplatněným výstupům je rozsah publikační aktivity týmu přijatelný. Řešení projektu probíhalo bez významnějších problémů.

Zahájení řešení

1. 1. 2015

Ukončení řešení

31. 12. 2017

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

5. 4. 2017

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP18-GA0-GA-U/02:1

Datum dodání záznamu

4. 5. 2018

Celkové uznané náklady

4 562 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 562 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč