Geneticky modifikované polymerázy a jejich využití pro amplifikaci nepurifikované DNA
Cíle projektu
Kvantitativní polymerázová řetězcová reakce v reálném čase (qPCR) nabývá stále širšího uplatnění pro řadu analytických a diagnostických aplikací založených na amplifikaci DNA (nebo cDNA) fragmentů. qPCR má však své limitace, zvláště při amplifikaci obtížných templátů (např. GC bohaté fragmenty DNA o velikosti >800 párů bazí nebo použití DNA templátu z celé krve nebo dalších vzorků obsahujících inhibitory PCR). Cílem tohoto projektu je vyvinout nové generace přípravků pro amplifikaci "obtížných" DNA templátů. Důležitým experimentálním přístupem bude systematická analýza účinnosti qPCR směsí a výběr optimálních DNA vazebných barviv vhodných pro qPCR. Významnou součástí projektu bude příprava a výběr mutant Taq DNA polymerázy s novými vlastnostmi vhodnýmipro analýzu obtížně amplifikovatelných fragmentů DNA. Tyto nové reakční směsi budou dále optimalizovány pro účinnou amplifikaci za náročných podmínek.
Klíčová slova
DNA amplificationpolymerase chain reactionDNA binding dyesDNA polymerase mutants
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo průmyslu a obchodu
Program
TIP
Veřejná soutěž
TIP 3 (SMPO2011/01)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
FR-TI3/067
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Genetically modified polymerases and their use for amplification of unpurified DNA
Anotace anglicky
Quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) is becoming a widely used tool for a variety of analytical and diagnostic applications based on amplification of DNA (or cDNA) fragments. However, qPCR has its limitations, especially when difficult-to-amplify templates are used (e.g. GC-rich DNA templates of >800 base pairs or using DNA templates in whole blood or other samples containing DNA inhibitors). This project aims to develop new qPCR reagents for qPCR amplification of difficult templates.The major approach will be systematic analysis of the qPCR performance of qPCR mixes and selection of optimal DNA-binding dyes suitable for qPCR. An important part of the project will be screening of Taq DNA polymerase mutants with new properties. Thesenew qPCR mixes will be optimized for excellent performance under demanding conditions.
Vědní obory
Kategorie VaV
VV - Experimentální vývoj
CEP - hlavní obor
CE - Biochemie
CEP - vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Byly připraveny nové mutanty Taq DNA polymerázy, ktré jsou schopny amplifikovat v PCR DNA z celé krve (až 20% krve). Tyto mutanty představují nové nástroje pro diagnózu na bazi DNA s vysokým komerčním potenciálem.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2011
Ukončení řešení
31. 12. 2014
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
3. 4. 2014
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP15-MPO-FR-U/01:1
Datum dodání záznamu
3. 7. 2015
Finance
Celkové uznané náklady
5 600 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
4 400 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
1 200 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
5 600 tis. Kč
Statní podpora
4 400 tis. Kč
78%
Poskytovatel
Ministerstvo průmyslu a obchodu
CEP
CE - Biochemie
Doba řešení
01. 01. 2011 - 31. 12. 2014