Zjednodušená metoda kvantifikace exprese specifických genů

Poskytovatel

Ministerstvo průmyslu a obchodu

Program

TRIO

Veřejná soutěž

TRIO 2 (SMPO201700001)

Hlavní účastníci

Top-Bio, s.r.o.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

2017FV20479

Název projektu anglicky

Simplified method for quantification of specific genes expression

Anotace anglicky

Alterations in the expression of specific genes belong to the key indicators of differentiation and pathophysiological changes in the cells. The most often used method for gene quantification is based on transcription of RNA into complementary DNA (cDNA) in the process of reverse transcription (RT), followed by amplification of cDNA in quantitative polymerase chain reaction (qPCR). However, RT is associated with many problems, which obscure gene expression analysis. Aim of this project is to develop a new, simplified, sensitive and reliable general purpose technology for quantification of specific gene expression in which the process of RT is substituted with efficient and rapid ligation of DNA probes bound to RNA and followed by quantification of the ligated DNA probes by qPCR. For ligation we will use RnlPBCV-1 ligase with high enzymatic activity for ligation of DNA probes bound to RNA. Major attention will be focused od development of new reaction mixtures and conditions for optimal ligation of DNA probes and amplification of the ligated probes in the same reaction mixture. For development of robust system for gene expression quantification of selected genes we will use (1) mutant forms of DNA polymerases with enhanced capacity for amplification of the DNA targets under suboptimal conditions, (2) monoclonal antibodies, which will secure inactivation of DNA polymerases before ligation step, and (3) various enhancers of ligation and amplification reactions, including mixture of high concentrations of trehalose and 1,2-propandiol, which we recently found to increase qPCR performance. New technologies will be verified on several models, including diagnosis of steatohepatitis and fibrosis. Outcome of the project will be prototypes of generally feasible kits for ligase-based quantification of sequence-specific RNAs from various cell types.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

EI - Biotechnologie a bionika

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt dosáhl stanovených cílů a výstupů projektu. Výsledkem řešení je souprava pro kvantifikaci exprese vybraného genu, PNPLA3, univerzálně použitelná souprava zjednodušené kvantifikace genové exprese, technologie přípravy komponent soupravy pro zjednodušenou kvantifikaci genové exprese.

Zahájení řešení

1. 7. 2017

Ukončení řešení

31. 10. 2020

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

14. 5. 2020

Důvěrnost údajů

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Systémové označení dodávky dat

CEP21-MPO-FV-U

Datum dodání záznamu

18. 4. 2024

Celkové uznané náklady

9 995 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

7 971 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

2 024 tis. Kč