CHEESE- platforma nové generace pro virtuální screening

Poskytovatel

Ministerstvo průmyslu a obchodu

Program

TWIST

Veřejná soutěž

SMPO202500001

Hlavní účastníci

Deep MedChem a.s.<br>Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

FY01010096

Název projektu anglicky

CHEESE - the next generation platform for virtual screening

Anotace anglicky

The fundamental goal of the project is to upgrade the CHEESE platform as the main result of the project. The new generation of the platform will be a comprehensive AI solution in the form of a unique software product that will significantly expand the possibilities of in silico research in pharmaceuticals (drug discovery) and biotechnology. The project’s specific objectives are: 1/ Design a new technology for combinatorial databases by utilizing deep neural networks for database exploration. 2/ Pilot-test the CHEESE platform’s tools in virtual screening of both enumerative and combinatorial databases and validate these tools using experimental methods. 3/ Design “structure awareness” technology, enabling fast and accurate searches for small molecules based on their 3D conformations (instead of the currently used SMILES codes). This will provide native support through AI-driven generation of conformations, combined with structural pre-training and contrastive fine-tuning. 4/ Achieve a unique “target-awareness” approach, training neural network embeddings so that a query in the vector database (ANN search) will locate molecules or their conformations with the highest electrostatic complementarity. 5/ Conduct extensive experimental validation of the structure-awareness and target-awareness tools, as well as the overall concept of structure-based virtual screening (SBVS). One of the benefits, realized through effective collaboration between Deep MedChem and IOCB, is the integration of biochemical, high-throughput screening (HTS), chemoinformatics, and bioinformatics methods. CHEESE aims to address the problem of lengthy and costly drug development. This process can cost 1.5 to 4 billion dollars and take 10 to 15 years, with fewer than 0.1% of candidate molecules advancing to clinical trials. Advanced computational (in silico) methods significantly speed up the process, reduce costs, and lower the risk of failure by up to half.

Kategorie VaV

VV - Experimentální vývoj

OECD FORD - hlavní obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

OECD FORD - vedlejší obor

30107 - Medicinal chemistry

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

AF - Dokumentace, knihovnictví, práce s informacemi<br>BC - Teorie a systémy řízení<br>BD - Teorie informace<br>FP - Ostatní lékařské obory<br>IN - Informatika

Zahájení řešení

1. 9. 2025

Ukončení řešení

31. 8. 2027

Poslední stav řešení

Z - Začínající víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

—

Důvěrnost údajů

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Systémové označení dodávky dat

CEP25-MPO-FY-R

Datum dodání záznamu

8. 10. 2025

Celkové uznané náklady

34 600 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

23 710 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

10 890 tis. Kč