Studium symetrického alosterického mechanismu hexamerického argininového represoru z E.coli pomoci počitačových simulací

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 17 (SGA0201300005)

Hlavní účastníci

Centrum výzkumu globální změny AV ČR, v. v. i.<br>Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

13-21053S

Název projektu anglicky

Investigating the Symmetric Allosteric Mechanism of Hexameric Escherichia coli Arginine Repressor using Computational Simulations

Anotace anglicky

Allostery is a manifestation of the global response of a macromolecule to ligand binding. The molecular origins of this fascinating emergent phenomenon have been a holy grail of biochemistry ever since Monod and Jacob named the concept. Arginine repressor (ArgR) is the master regulator of the arginine regulon in a wide variety of bacteria and provides feedback control over biosynthesis and catabolism of L-arg. Asymmetric allosteric activation of ArgR is an apparent paradox in view of the role of symmetry anticipated by the MWC model. Negative cooperativity was not anticipated by the model, but it might be physiologically useful because such different affinities create two action levels in the protein's response to L-arg. Interpretation of this complex system requires an understanding of the protein's conformational landscape. Molecular dynamics simulations, umbrella sampling, QM/MM calculations, ligand docking and in silico mutations will be used to provide a picture of populated conformations and to elucidate the detailed molecular mechanism for ArgR allostery.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

CE - Biochemie

CEP - další vedlejší obor

BO - Biofyzika

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

V podstatě jediným hmatatelným důkazem splnění projektu je připravovaný rukopis práce shrnující některé z navržených cílů. Tato práce je však velmi vzdálena od finální verze (polovinu draftu tvoří 22 obrázků s různými detaily simulací). Ve zprávě jsem nenalezl přesvědčivý, experimentálně ověřitelný příběh, o alosterickém účinku L-argininu na jeho receptor, což bylo cílem projektu.

Zahájení řešení

1. 2. 2013

Ukončení řešení

5. 12. 2018

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

17. 3. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP19-GA0-GA-U/05:1

Datum dodání záznamu

25. 6. 2019

Celkové uznané náklady

3 883 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 883 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč