Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinech

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 21 (SGA0201700001)

Hlavní účastníci

České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická<br>Masarykova univerzita / Fakulta informatiky<br>Západočeská univerzita v Plzni / Fakulta aplikovaných věd

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

17-07690S

Název projektu anglicky

Methods of Identification and Visualization of Tunnels for Flexible Ligands in Dynamic Proteins

Anotace anglicky

Proteins are biochemical macromolecules, performing crucial functions in all living organisms. Understanding their function is important for faster invention of new drugs and other chemical compounds. Protein functions are highly influenced by their reactivity with other molecules (ligands). Performing a spatial analysis of ligands behavior in proteins under molecular dynamics is one of the most important current tasks in bioinformatics. Current approaches are mostly based on geometry, using a set of spheres and 3D geometrical subdivision. They work well for static models and simple molecules but for dynamic and complex molecular structures are not strong enough. Promising alternative solutions, utilizing sampling-based motion planning approaches, have appeared but sample the configuration space blindly, i.e. using uniform samples. The proposed project aims to develop computational and visualization methods based on a motion planning approach and a more sophisticated sampling. The methods will work for flexible ligands moving in dynamic proteins.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

JC - Počítačový hardware a software

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

20206 - Computer hardware and architecture

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt v podstatné míře dosáhl stanovených vědeckých cílů. Za pozitiva lze pokládat zapojení řady studentů do projektu a celkovou spolupráci celého řešitelského a spoluřešitelského týmu. Softwarové části, které vznikly během projektu, mohou být přínosné pro bioinformatiku. Za slabinu projektu lze pokládat slabší publikační aktivitu kolektivu v nevýrazných médiích.

Zahájení řešení

1. 1. 2017

Ukončení řešení

31. 12. 2019

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

26. 4. 2019

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP20-GA0-GA-U/02:1

Datum dodání záznamu

23. 7. 2020

Celkové uznané náklady

6 205 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 251 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

949 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč