Molekulové simulace RNA: od statických struktur k molekulárním souborům

Název projektu anglicky
Molecular dynamics simulations of RNA: from static structures to molecular ensembles
Anotace anglicky
It is becoming evident that to fully understand diverse roles of RNA molecules, it is imperative to study not only static RNA structures, but also their dynamical ensembles. We suggest series of mutually interrelated investigations of a broad spectrum of RNA molecules and protein-RNA complexes using atomistic molecular dynamics (MD) simulations. We aim to obtain complete picture of free-energy landscapes of small but critically important RNA systems such as stem-loop hairpins, characterize binding mechanisms and pathways of single-stranded RNAs to their protein binding sites, and some other goals. Substantial part of the research will be done in collaboration with experimental laboratories, with the aim to integrate MD simulations with experimental information, for example with NMR data. Studies of diverse specific systems will also allow us to improve the MD methodology, mainly by developing modified force-field versions often tailored for specific project goals, and optimizing protocols of enhanced-sampling simulation techniques and inclusion of experimental data into simulations.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10610 - Biophysics
OECD FORD - vedlejší obor
—
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
BO - Biofyzika

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP24-GA0-GA-R
Datum dodání záznamu
19. 2. 2024

Podobné projekty(10)