Počítačová studie RNA multiple junction lokalizovaných ve funkčně významných místech ribozomu

Poskytovatel

Akademie věd České republiky

Program

Juniorské badatelské grantové projekty

Veřejná soutěž

Juniorské badatelské grantové projekty 7 (SAV02009-B)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

KJB400040901

Název projektu anglicky

Computational study of RNA multiple junctions localized in functionally important sites of the ribosome

Anotace anglicky

The project is focused on study of ribosomal RNA multiple junctions complex molecules composed of RNA motifs/submotifs. These systems consist of non-standard pairs and have specific structure dynamical properties that assert in synthesis of proteins. Theproposal is aimed at description of these systems using modern molecular dynamics methods and bioinformatics, and determination of their functional roles. Structural dynamics, basepairing, specific hydration and ion binding and also molecular interactions of selected systems will be characterized on nanoseconds time scales. Computations will be complemented by sequence analysis. Based on obtained results and current experimental data functional roles of selected junctions in proteosynthesis will be suggested. Characterization of ribosomal RNA motifs/submotifs represents a significant task because these structures do not occur only in the ribosome but also in other RNA molecules where they assert in key processes.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CE - Biochemie

CEP - vedlejší obor

BO - Biofyzika

CEP - další vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Pomocí moderních výpočetních metod byla popsána strukturní dynamika a flexibilita RNA multiple junction z důležitých míst ribozómu. Na základě získaných výsledků byly navrženy funkční role těchto molekul v průběhu proteosyntézy.

Zahájení řešení

1. 1. 2009

Ukončení řešení

31. 12. 2011

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

18. 3. 2011

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP12-AV0-KJ-U/01:1

Datum dodání záznamu

25. 5. 2012

Celkové uznané náklady

717 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

717 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč