Nový vhled do struktury a dynamiky páteře nukleových kyselin užitím pokročilých DFT-MD výpočtů a 31P NMR spektroskopie

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 23 (SGA0201900001)

Hlavní účastníci

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

19-13436S

Název projektu anglicky

Novel Insight into the Structure and Dynamics of Nucleic Acid Backbone by Means of Advanced DFT-MD Calculations and 31P NMR Spectroscopy

Anotace anglicky

This project is aimed at interdisciplinary structural study of the sugar-phosphate backbone in nucleic acids by means of advanced ab initio NMR and Molecular Dynamics calculations and original 31P NMR experiment. The research will be focused particularly on major chemical constituent and key structural-dynamical player within nucleic acid backbone - the backbone phosphate, that was so far exploited only rarely due to obstacles in interpretation of the NMR parameters and problematic performances of existing force fields. A novel procedure for reliable structural interpretation of the NMR parameters by means of theoretical DFT-MD calculations and NMR experiment will be developed and benchmarked by means of the DFT-MD calculatios and NMR experiment. The method will be than applied to refine structure of nucleic acids backbone in canonical DNA and in difficult cases of non-canonical RNA motifs. In this way, the performances and accuracy of existing force fields will be compared in direct relation with the NMR experiment.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10610 - Biophysics

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

BO - Biofyzika

Zahájení řešení

1. 1. 2019

Ukončení řešení

31. 12. 2023

Poslední stav řešení

—

Poslední uvolnění podpory

9. 6. 2021

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP22-GA0-GA-R

Datum dodání záznamu

22. 2. 2022

Celkové uznané náklady

3 758 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 492 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

266 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč