Vývoj torzních parametrů silového pole za účelem zlepšeného popisu cukr-fosfátové páteře nukleových kyselin.

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Postdoktorandské granty

Veřejná soutěž

Postdoktorandské granty 15 (SGA0201400003)

Hlavní účastníci

Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

14-29874P

Název projektu anglicky

Toward Improved Description of Nucleic Acid Backbone: Developing Force Field Torsion Parameters.

Anotace anglicky

Accurate representation of nucleic acids in molecular dynamics simulations depends critically on the quality of the applied empirical force field. Among force field terms, the torsion parameters are known to strongly influence the conformational equilibria and molecular structures. Unfortunately, past several years witnessed severe problems in describing the torsion space in nucleic acids by current force fields and more problems continue emerging. In an attempt for improvement, we suggested a novel parameterization procedure that incorporates some previously neglected solvation-related effects, which proved to be essential for obtaining accurate torsion profiles. This project focuses on the application and further development of our parameterization procedure and design of new torsion parameters that would allow for reliable simulations of various nucleic acid forms on very long (microsecond) time scales. Project encompasses also revealing potential problems in simulations of nucleic acids, identifying their origins, and testing and verification of the newly proposed parameters.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt splnil plánované cíle, tj. vylepšení parametrizace empirického silového pole pro nukleové kyseliny, které je nově doporučenou volbou v SW Amber. Došlo ke zpřesnění popisu DNA struktur (B-DNA, G-DNA a Z-DNA). Byly popsány situace, které vyžadují další zpřesnění. Výstupem je 5 vyšlých článků a jeden odeslaný, řešitelka pouze jednou není první autorkou.

Zahájení řešení

1. 1. 2014

Ukončení řešení

31. 12. 2016

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

17. 3. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP17-GA0-GP-U/01:1

Datum dodání záznamu

30. 6. 2017

Celkové uznané náklady

1 335 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 335 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč