Vše
Vše

Co hledáte?

Vše
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Vývoj přesných molekulově-mechanických silových polí pro vibrační spektroskopii

Cíle projektu

Dynamické studie makromolekul za použití molekulově-mechanických silových polí jsou hlavním nástrojem pro teoretické modelování biochemických dějů. U proteinů např. umožňují pochopit jejich denaturaci, re-folding, či vazbu ligandů. Existující silová polese liší kvalitou, složitostí a použitelností na konkrétní typy molekul (proteiny, nukleové kyseliny apod.). Přitom parametrizace polí je často jen přibližná a závislá na referenční datech. Proto v projektu navrhujeme použít pokročilé metody vibrační spektroskopie jako relativně snadno dostupný standard. Spektra poskytují cenné informace o struktuře, flexibilitě, dynamickém chování látek, jejich afinitě k okolí, či elektrostatickém chování jednotlivých částí molekuly. V projektu budeme rozvíjet originální metody zejména pro analýzu polarizovaných (opticky aktivních) spekter. Kombinací kvantových a molekulově-dynamických výpočtů, a spektrálních dat tak získáme nástroj k novým aplikacím zahrnujícím zejména flexibilní látky a využívající dynamiky, solvataci a komplexační aktivitu molekul.

Klíčová slova

moleculardynamicsvibrationalspectroscopyforcefieldabinitio

Veřejná podpora

  • Poskytovatel

    Grantová agentura České republiky

  • Program

    Postdoktorandské granty

  • Veřejná soutěž

    Postdoktorandské granty 10 (SGA02010GA1PD)

  • Hlavní účastníci

  • Druh soutěže

    VS - Veřejná soutěž

  • Číslo smlouvy

    P208-10-P356

Alternativní jazyk

  • Název projektu anglicky

    Development of precise molecular mechanic force fields for vibrational spectroscopy

  • Anotace anglicky

    Dynamical studies of macromolecules using molecular dynamics force fields became principle tools in theoretical modeling of biochemical processes. For proteins, for example, such methods revealed many interesting aspects concerning their denaturation, re-folding, and ligand binding. Available force fields differ in quality, complexity, and variety of systems which they can be used for (proteins, nucleic acids etc.). However, the force field parametrizations are often inaccurate and dependent on the reference data. In this project, we propose to utilize advanced methods of vibrational spectroscopy as relatively easily accessible reference data. The spectra provide precious information about structure, flexibility, dynamical behavior, or the affinity tothe environment and ligands. We will expand or develop original methods, especially for polarized (optical active) spectral analyses. The combination of the quantum and molecular-dynamics calculations, and the accurate spectroscopic data will provide a powerful instrument for new applications, especially those including flexible biologically relevant compounds, their dynamics and reactivity.

Vědní obory

  • Kategorie VaV

    ZV - Základní výzkum

  • CEP - hlavní obor

    CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

  • CEP - vedlejší obor

  • CEP - další vedlejší obor

  • OECD FORD - odpovídající obory
    (dle převodníku)

    10403 - Physical chemistry

Hodnocení dokončeného projektu

  • Hodnocení poskytovatelem

    V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

  • Zhodnocení výsledků projektu

    Hlavním výsledkem projektu jsou pokročilé teoretické analýzy vibračních spekter vybraných molekul. Výsledky, adekvátně popsané v závěrečné kartě, představují pokrok v interpretaci vibračních spekter. Výstupem je sedm původních článků v IF časopisech s n?

Termíny řešení

  • Zahájení řešení

    1. 1. 2010

  • Ukončení řešení

    31. 12. 2012

  • Poslední stav řešení

    U - Ukončený projekt

  • Poslední uvolnění podpory

    1. 4. 2012

Dodání dat do CEP

  • Důvěrnost údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Systémové označení dodávky dat

    CEP13-GA0-GP-U/03:3

  • Datum dodání záznamu

    2. 5. 2016

Finance

  • Celkové uznané náklady

    785 tis. Kč

  • Výše podpory ze státního rozpočtu

    785 tis. Kč

  • Ostatní veřejné zdroje financování

    0 tis. Kč

  • Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

    0 tis. Kč

Základní informace

Uznané náklady

785 tis. Kč

Statní podpora

785 tis. Kč

100%


Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

CEP

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

Doba řešení

01. 01. 2010 - 31. 12. 2012