Konformační dynamika nukleových kyselin

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 8 (SGA02005GA-ST)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

203/05/0388

Název projektu anglicky

Conformational dynamics of nucleic acids

Anotace anglicky

Studies of structure and dynamics of Nucleic acids (NA) and their relationship to biologiocal functions of NA represents key task of contemporary science. NA three-dimensional structure and dynamics will be investigated by advanced computational methodscombined with X-ray and NMR analyses. The aim is to substantially improve the quality of structure refinement procedures, by predicting the structural and dynamical characteristics of the NA molecular fragments which are essential for reliable refinement. Biologicaly relevant structural motifs will be extracted from X-ray crystallography data and analyzed using state of the art quantum chemical and molecular dynamics calculations. Emphasis will be put on dynamics of the selected NA structural moieties (e.g., out-of-plane vibrations of the atoms involved in NA bases) by calculating their nonharmonic vibrational wave functions. The force-field utilized in the refinements will be re-parametrized accordingly. The wave functions will in turn be

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

BO - Biofyzika

CEP - další vedlejší obor

CE - Biochemie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Rozsah teoretických metod aplikovaných při řešení zahrnující metody výpočetní kvantové chemie a molekulové dynamiky, modelování parametrů NMR spekter a strukturní X-ray databázové studie, umožnil komplexní výzkum řešené problematiky v souladu s návrhem p

Zahájení řešení

1. 1. 2005

Ukončení řešení

31. 12. 2007

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

2. 5. 2007

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP08-GA0-GA-U/04:3

Datum dodání záznamu

16. 12. 2008

Celkové uznané náklady

4 707 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 707 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč