Struktura a vlastnosti modifikovaných složek nukleových kyselin
Cíle projektu
Nukleární magnetická rezonance (NMR) je jednou z nejpoužívanějších, nejefektivnějších a nejuniverzálnějších analytických metod při získávání strukturních informací včetně intermolekulárních interakcí. V tomto projektu navrhujeme studovat strukturu a vlastnosti modifikovaných složek nukleových kyselin (MCNA), tj. modifikovaných bází nukleových kyselin, nukleosidů a nukleotidů pomocí experimentální NMR (NMR s vysokým rozlišením v kapalné a pevné fázi), výpočtu NMR parametrů (jaderné stínící konstanty a interakční konstanty jak pro izolované molekuly tak pro krystaly) a molekulového modelování. Konkrétně navrhujeme studovat a) protonaci-deprotonaci a tautomerii MCNA, b) vnitřní dynamiku bází nukleových kyselin, a c) konformaci cukerné části MCNA. V experimentální NMR bychom se rádi zaměřili na dynamicky se rozvíjející oblasti, jako je NMR krystalografie nebo aplikace zbytkových dipolárních kaplinků (RDC) pro malé molekuly.
Klíčová slova
NMR spectroscopyNMR crystallographycalculation of NMR parametersmolecular modelingmodified nucleosidestautomerismbase-pairingconformation
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 17 (SGA0201300005)
Hlavní účastníci
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
13-24880S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Structure and Properties of Modified Components of Nucleic Acids
Anotace anglicky
Nuclear magnetic resonance (NMR) is one of the most frequently applied, efficient and universal analytical method for providing structural information including intermolecular interactions. In this project, we propose to study the structure and properties of the modified components of nucleic acids (MCNA), i.e. modified nucleobases, nucleosides and nucleotides, by means of experimental NMR (high-resolution liquid NMR and solid-state NMR), calculation of the NMR parameters (nuclear shielding constants and coupling constants both for isolated molecules and for crystals) and molecular modeling. More specifically, we propose to study a) MCNA protonation-deprotonation and tautomerism, b) internal dynamics of nucleic acid bases, and c) the conformation of MCNA sugar part. In experimental NMR work, we would like to lay stress on dynamically growing areas such as NMR crystallography or application of residual dipolar couplings (RDCs) to small molecules.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CB - Analytická chemie, separace
CEP - vedlejší obor
CC - Organická chemie
CEP - další vedlejší obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10401 - Organic chemistry
10403 - Physical chemistry
10406 - Analytical chemistry
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Badatelský tým dosáhl významných vědeckých výsledků v NMR spektroskopii nukleových kyselin přesněji jejich komponent modifikovaných na nukleové bázi nebo cukerné složce. Vývoj nástroje pro studium nukleových kyselin je užitečný pro další vědecké obory, které se jimi zabývají. Ocenění si zaslouží účast studentů na řešení projektu.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 2. 2013
Ukončení řešení
31. 12. 2015
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
10. 4. 2015
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP16-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
25. 9. 2017
Finance
Celkové uznané náklady
6 006 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
6 006 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
6 006 tis. Kč
Statní podpora
6 006 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CB - Analytická chemie, separace
Doba řešení
01. 02. 2013 - 31. 12. 2015