Studium fyzikální podstaty interakcí lone-pair-pi v biomolekulárních systémech. Role interakcí lone-pair-pi při stabilizaci proteinu Engrailed

Název projektu anglicky
Towards the physical basis of lone-pair-pi interactions. Do lone-pair-pi interactions stabilize the structure of the Engrailed homeodomain?
Anotace anglicky
« Lone-pair-pi interactions » between the lone-pair of electrons of one molecule and pi electrons of the aromatic system of a second molecule is a particular kind of interactions stabilizing certain forms of nucleic acids (Z-DNA) and proteins (homeodomains). The physical origin is not fully understood. Recent results suggest that lone-pair-pi interactions are a complicated function of the mutual orientation of both partner molecules which is not satisfactorily described by current force-fields. Crystal structures indicate that lone-pair-pi interactions may be important determinants of the specific binding of the Engrailed homeodomain to its cognate DNA. In the theoretical part of this project, we will analyze the physical origin of these interactions using ab initio calculations, and in the experimental part, we will use NMR methods to check their significance in stabilization of the sequence-specific Engrailed-DNA complex.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
BO - Biofyzika
CEP - vedlejší obor
CD - Makromolekulární chemie
CEP - další vedlejší obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10404 - Polymer science<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt byl zaměřen na ověření charakteru vazby mezi volným elektronovým párem jednoho partnera a prázdným π* orbitálem druhého partnera. Analýza složek interakční energie prokázala nezanedbatelný nábojový přenos.Závěry numerických simulací byly podpořeny nepřímými experimentálními důkazy.Výsledky byly publikovány v 6 impaktovaných časopisech.Finanční prostředky čerpány ve schválené struktuře.

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP19-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
12. 6. 2019

Podobné projekty(10)