Automatická analýza prostorových vzorů genové exprese

Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 18 (SGA0201400001)
Hlavní účastníci
České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
14-21421S

Název projektu anglicky
Automatic analysis of spatial gene expression patterns
Anotace anglicky
We plan to address the problem of automatically processing large sets of microscopy images for systematic survey of spatio-temporal gene expression patterns of Drosophila ovaries and larval imaginal disc, to be used to decipher the gene regulatory networks and to help to study human diseases. We shall address the whole image processing pipeline from identification of candidate objects, high-resolution 2D and 3D acquisition, segmentation, alignment, pattern extraction, clustering, annotation, all the way to the automatic discovery of the relationships within the data. We will develop new image processing, machine learning, and data mining methods in order to efficiently and robustly handle this new type of large scale data, which so far has been processed only manually or semi-manually, or not at all. By focusing on two diverse datasets acquired with two different imaging modalities, our algorithms will posses sufficient generality to be applicable to other emerging problems in image-based systems biology research in various biological contexts.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
IN - Informatika
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
V rámci projektu byly vytvořeny nové metody pro segmentaci a registraci obrazů ale i metody pro vytěžování dat genové exprese. Výsledky projektu byly publikovány na mezinárodním fóru a to včetně kvalitních recenzovaných časopisů. Dosažené výsledky mají mezinárodní význam. Hospodaření s finančními prostředky proběhlo v souladu s pravidly.

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP19-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
12. 6. 2019

Podobné projekty(10)