Počítačový design minimalistických metalopeptidů jako cesta k rozluštění katalytické účinnosti metaloproteinů

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 18 (SGA0201400001)

Hlavní účastníci

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

14-31419S

Název projektu anglicky

Computational Design of Minimalistic Metallopeptides: ‘En Route’ to Disentangling the Catalytic Power of Metalloproteins

Anotace anglicky

The aim of this project is an 'ab initio' design of both small catalytic metallopeptides and highly specific metal chelators. Thus, starting with the design of highly specific metal chelators as a proof-of-the-concept, we will climb the ladder of increasing complexity towards the implementation of the catalytic functionality into novel (metallo)peptide sequences. The latter will be achieved in a stepwise procedure beginning with the design of simple mononuclear metal sites found e.g. in hydrolytic enzymes and ending with metallopeptides capable of catalysing the most challenging reactions, such as the activation of C‑H or O=O bonds. Our approach is based on the development of the unique set of computer programs operating on top of a database of peptidic fragments obtained from the Protein Data Bank and merging them into a single-chain scaffold, mimicking a protein active site. Sophisticated coupling to external QM or QM/MM(MD) programs will be coded and these programs will be used to verify the inherent stability and potential catalytic properties of the designed structures.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt navrhuji hodnotit jako splněn velmi dobře, vzhledem k velkému počtu publikací v prestižních časopisech a dosažení významného pokroku v oboru. Zejména lze vyzdvihnout porozumění vazbám atomů kovů v metaloproteinech a metalopeptidech, jakož i jejich katalytické aktivitě.

Zahájení řešení

1. 1. 2014

Ukončení řešení

31. 12. 2016

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

5. 4. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP17-GA0-GA-U/03:1

Datum dodání záznamu

28. 6. 2017

Celkové uznané náklady

4 008 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 008 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč