Rostlinné transpozony a konformace DNA

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 19 (SGA0201500001)

Hlavní účastníci

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.<br>Masarykova univerzita / Fakulta informatiky

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

15-02891S

Název projektu anglicky

Plant transposable elements and DNA conformation

Anotace anglicky

Transposable elements (TEs) constitute a significant part of plant genomes and affect their function and evolution. In some plants, they represent up to 90% of the genome. TEs have regulatory regions that often contain sequences with the potential to form multi-stranded DNA, like quadruplexes and triplexes. We propose studying the distribution of quadruplexes in the main TE families (LTR- and nonLTR retrotransposons) in completely sequenced plant genomes. The ability of selected sequences to form quadruplex DNA will be verified by circular dichroism. We will use yeasts and Arabidopsis thaliana to study the effect of TE-originating quadruplexes on expression of the reporter gene and on the activity of TEs. Because quadruplexes and triplexes influence DNA recombination, we will investigate how their occurrence in TEs is related to the location of TEs in the genome, especially in regions with lower or no recombination (e.g. Y chromosome). Our results will contribute to understanding the role of non-B DNA conformations in the TE life cycle and their impact on the plant genome.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt využíval jak experimentální, tak bioinformatické přístupy zaměřené na studium LTR retransposomů. Byl vytvořen unikátní bioinformatický nástroj Pqsfinder. Bylo publikováno pět vědeckých článků s dedikací na projekt, z nich čtyři tvoří přehledné články. Do řešení projektu byli zapojeni studenti a zveřejněné výsledky přispěly k poznání struktury DNA a mají obecnější platnost v biologii.

Zahájení řešení

1. 1. 2015

Ukončení řešení

31. 12. 2017

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

5. 4. 2017

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP18-GA0-GA-U/02:1

Datum dodání záznamu

4. 5. 2018

Celkové uznané náklady

6 130 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

6 130 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč