Víceúrovňové modelování struktury, dynamiky a sbalování DNA.

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 20 (SGA0201600001)

Hlavní účastníci

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

16-13721S

Název projektu anglicky

Multi-scale modeling of structure, dynamics and folding of DNA.

Anotace anglicky

The three-year project suggests cutting-edge theoretical studies of structure, dynamics, energetics and folding of DNA molecules, utilizing the latest advances of methods and hardware. The project emphasizes synergy between quantum chemical and molecular mechanical methods and will thus use a full spectrum of computational approaches, including quantum chemistry, hybrid quantum-classical methods, classical unbiased and enhanced sampling simulations and coarse-grained modelling. The project combines tasks to solve specific problems of contemporary DNA research with method development and testing. The main topics include studies of a diverse set of guanine quadruplexes, with special emphasis given to the atomistic picture of their folding mechanisms, their sequence-dependent conformational preferences and the role of the single stranded loops in their stability and ligand binding, studies of B-DNA conformational variability, and development of suitable protocols for large scale quantum-chemical and hybrid studies of complete nucleic acids building blocks.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Cíle projektu se podařilo splnit vynikajícím způsobem. Nejvýznamnějším výsledkem je patrně návrh nového mechanismu (kinetic partitioning mechanism) pro folding kvadruplexu guaninu, který vysvětluje experimentálně pozorovanou extrémně dlouhou časovou škálu tohoto procesu. Bylo ovšem dosaženo mnoha dalších nových poznatků v oblasti modelování struktury a dynamiky DNA.

Zahájení řešení

1. 1. 2016

Ukončení řešení

31. 12. 2018

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

26. 4. 2018

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP19-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

12. 6. 2019

Celkové uznané náklady

4 284 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 921 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

361 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč