Fylogeografie, selekce a mutační rychlost na celogenomové úrovni: inference založená na sekvencích mtDNA myši domácí

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 20 (SGA0201600001)

Hlavní účastníci

Ústav biologie obratlovců AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

16-23773S

Název projektu anglicky

Phylogeography, selection and mutation rate at the whole-genome level: Inference from mtDNA sequences of the house mouse

Anotace anglicky

Mitochondrial DNA has widely been used for species detection and delimitation. However, the house mouse mitochondrion has been shown to violate basic assumptions, bringing some notable results into question. Using the European house mouse hybrid zone (HMHZ) as a model system and taking advantage of state-of-the-art NGS techniques this project aims to decipher several riddles of mtDNA evolution. Phylogeography and colonisation history of mtDNA haplotypes, their introgression across the HMHZ, rate of heteroplasmy, mutation rate, the role of selection, and phenotypic correlates will be addressed. More specifically: How many haplotypes encounter the HMHZ? Which of them are able to introgress across, which are susceptible to invasion? Is the rate of heteroplasmy affected by hybridisation, mutation rate differences between functional vs non-coding mtDNA regions or is it lineage-specific? The project is unique in that it develops mitochondrial understanding comparable to that of humans for house mice which have shared recent human colonisation history through synanthropy.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EG - Zoologie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10613 - Zoology<br>10614 - Behavioral sciences biology<br>10615 - Ornithology<br>10616 - Entomology

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt byl od samého začátku velmi ambiciózní, ale po řádné době řešení i po odkladu dosud nejsou zdaleka opublikovány slíbené výsledky, byť bylo dosaženo jedné prestižní publikace. Také se domnívám, že dvě vykazované práce o parazitech v hybridní zóně nelze uznat, neboť s projektem nesouvisí.

Zahájení řešení

1. 1. 2016

Ukončení řešení

11. 12. 2020

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

16. 5. 2018

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP21-GA0-GA-U/06:1

Datum dodání záznamu

30. 6. 2021

Celkové uznané náklady

9 979 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

9 685 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

294 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč