Genetické a epigenetické vlastnosti mezigenových mezerníků ribosomální DNA a jejich možné regulační funkce při ustavení jadérkové dominance

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 21 (SGA0201700001)

Hlavní účastníci

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

17-11642S

Název projektu anglicky

Genetic and epigenetic features of rDNA intergenic spacers and their potential regulatory functions in the establishment of nucleolar dominance

Anotace anglicky

Though the epigenetic mechanisms of rDNA silencing are well known, it remains unclear how only one rDNA homeolog is chosen for inactivation in genetic hybrids, a phenomenon known as nucleolar dominance (ND). To evaluate the controversial relevance of commonly occurring repeated regions surrounding the RNA Pol I promoter(s), we propose to analyse rDNA intergenic spacer (IGS) variants with extraordinarily variable transcriptional patterns that evolved in Tragopogon mirus allotetraploid. Exceptional among hybrids, such variability provides a unique opportunity to reveal the impact of genetic and epigenetic features of both rDNA homeologs on ND. Sufficiently long reads obtained from third generation NGS technologies will be used to decipher the fine structural variations that evolved not only between both rDNA homeologs but also among homologs with distinct transcriptional patterns. We expect to obtain evidence for the participation of structural determinants of IGS in regulation of RNA Pol I promoter activity and susceptibility of rDNA to undergo epigenetic changes in hybrid genomes.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Řešení projektu významně přispělo k poznání mechanismů podílejících se na vzniku jadérkové dominance a regulaci aktivity rDNA u allotetraploida Tragopogon mirus a dalších vybraných rostlin (tabák, tykev, mechorosty). Byla získána řada originálních výsledků, z nichž většina byla zveřejněna - v kvalitních impaktovaných časopisech byly publikovány tři práce.

Zahájení řešení

1. 1. 2017

Ukončení řešení

31. 12. 2019

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

4. 4. 2019

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP20-GA0-GA-U/02:1

Datum dodání záznamu

23. 7. 2020

Celkové uznané náklady

6 483 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

6 105 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

378 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč