Studium struktury a epigenetických modifikací rDNA u rostlinných hybridů pomocí třetí generace sekvenování jednotlivých molekul DNA v reálném čase

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 18 (SGA0201400001)

Hlavní účastníci

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

14-34632S

Název projektu anglicky

Genome wide range mapping of rDNA structure and epigenetic modfications in plant hybrids using third generation single molecule real-time sequencing

Anotace anglicky

The rRNA genes are organised in long tandem arrays comprising thousands of nearly identical units. Only a minority of genes is transcribed while the rest is epigenetically inactivated. The locus is uneasy to tackle by classical molecular approaches and hence mechanism leading to homogenisation of units as well as selection of only distinct variant for transcription activity remains poorly understood. To reveal structural features, which may be involved in variant switches, we propose to employ new sequencing technology providing comprehensive long reads from single native DNA molecule preserving its epigenetic modifications. Genetic and epigenetic characteristics of rRNA genes will be correlated with transcription activity in diploid and allopolyploid plant species. We expect to obtain, for the first time, information on: (i) relationship between distantly located variable parts of rRNA gene revealing potential intergenomic recombinations (ii) homogenisation of tandem arrays at a single nucleotide resolution (iii) pattern of methylated cytosines in both complementary DNA strands.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt využil jako modelový systém nedávno vytvořené allopolyploidní hybridy (Tragopogon mirus, Nicotiana tabacum) a potvrdil, že umlčené rRNA geny jsou ty s kratším intergenovým spacerem a s nižším počtem repeticí v okolí transkripčního startu. Tyto změny jsou dále provázeny změnami metylace DNA. V rámci projektu byly publikovány 3 články v mezinárodních impaktovaných časopisech.

Zahájení řešení

1. 1. 2014

Ukončení řešení

31. 12. 2016

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

5. 4. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP17-GA0-GA-U/03:1

Datum dodání záznamu

28. 6. 2017

Celkové uznané náklady

3 801 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 801 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč