Studium vzniku a evoluce satelitní DNA v genomech rostlin s využitím extrémné dlouhých sekvenačních čtení

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

SGA0202000001

Hlavní účastníci

Biologické centrum AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

20-24252S

Název projektu anglicky

Employing ultra-long read sequencing to elucidate origin and evolution of satellite DNA in plant genomes

Anotace anglicky

Highly repetitive, tandemly organized DNA sequences (satellite DNA) make up large portions of most eukaryotic genomes where they constitute specific chromosome regions like centromeres or heterochromatic bands. Satellite DNA is difficult to investigate due its occurrence in very long arrays of almost identical repeated units which cannot be assembled using conventional approaches. Consequently, the lack of information about various properties of satellite repeat arrays has been limiting our understanding of molecular mechanisms associated with the origin and evolution of satellite repeats. In this project, we propose to overcome this limitation by employing a cutting edge nanopore sequencing protocols to generate ultra-long sequence reads that will provide insight into long-range organization of satellite repeat arrays. This method will be combined with newly developed bioinformatics tools and used to investigate a set of plant model species which were selected based on the composition of their repeats and specific properties of their genomes and chromosomes.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EB - Genetika a molekulární biologie

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Během řešení projektu bylo získáno množství nových poznatků (jak metodických, tak původních) o roli repetitivních sekvencí v rostlinných genomech a uspořádání chromozomů. Výstupem jsou kromě jiného dvě práce v prestižních časopisech (Cell a Nature), kde řešitelský tým významně přispěl analýzou satelitních sekvencí. Dalšími výstupy jsou dvě korespondenční práce v kvalitních časopisech.

Zahájení řešení

1. 1. 2020

Ukončení řešení

31. 12. 2022

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

8. 4. 2022

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP23-GA0-GA-U

Datum dodání záznamu

26. 6. 2023

Celkové uznané náklady

8 215 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

8 215 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč