Dynamika a evoluce multigenních lokusů pro ribozomální RNA u Triticeae

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 21 (SGA0201700001)

Hlavní účastníci

Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

17-17564S

Název projektu anglicky

Dynamics and evolution of multigene ribosomal RNA loci in Triticeae

Anotace anglicky

Ribosomal RNA gene loci (rDNA) have been among extensively studied components of eukaryotic genomes. They were shown to be associated with nucleolus, the largest functional domain of the nucleus and the site of ribosomal biogenesis. Despite the biological importance, detailed information on molecular organization of rDNA regions is missing, especially in plants. This is mainly due to structure of rDNA loci, which are organized as long arrays of tandem repeats difficult to assemble and thus are heavily underrepresented in genome assemblies. In the project we will focus on studies of 45S rDNA loci in bread wheat and related cereals. To assemble rDNA regions, we will use a new approach using optical mapping and third-generation sequencing technology producing reads as long as 100 kb. We will focus on minor rDNA loci and elucidate their role in ribosomal DNA evolution in wheat and also perform comparative analyses of major and minor loci in wheat, barley and rye. The project will provide novel insights into organization of plant rDNA and its evolution in the tribe Triticeae.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

EF - Botanika

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Cíl projektu byl dosažen. Byly detailně charakterizovány minoritní lokusy 18S-5.8S-26S rDNA u pšenice. Další data získaná u pšenice prokázala, že příspěvek jednotlivých polí 45S rDNA k produkci ribozomální RNA je dynamický a není úměrný velikosti pole 45S rDNA. Dále byly charakterizovány post-transkripční modifikace ribozomálních RNA u pšenice a ječmene.

Zahájení řešení

1. 1. 2017

Ukončení řešení

11. 12. 2020

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

10. 4. 2019

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP21-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

12. 4. 2021

Celkové uznané náklady

5 128 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 489 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

639 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč